man/man1/g_nmens.1

   1 .TH g_nmens 1 "Fri 18 Jan 2013" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.6"
   2 .SH NAME
   3 g_nmens - generates an ensemble of structures from the normal modes
   4
   5 .B VERSION 4.5.6
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_nmens\fP
   8 .BI "\-v" " eigenvec.trr "
   9 .BI "\-e" " eigenval.xvg "
  10 .BI "\-s" " topol.tpr "
  11 .BI "\-n" " index.ndx "
  12 .BI "\-o" " ensemble.xtc "
  13 .BI "\-[no]h" ""
  14 .BI "\-[no]version" ""
  15 .BI "\-nice" " int "
  16 .BI "\-xvg" " enum "
  17 .BI "\-temp" " real "
  18 .BI "\-seed" " int "
  19 .BI "\-num" " int "
  20 .BI "\-first" " int "
  21 .BI "\-last" " int "
  22 .SH DESCRIPTION
  23 \&\fB g_nmens\fR generates an ensemble around an average structure
  24 \&in a subspace that is defined by a set of normal modes (eigenvectors).
  25 \&The eigenvectors are assumed to be mass\-weighted.
  26 \&The position along each eigenvector is randomly taken from a Gaussian
  27 \&distribution with variance kT/eigenvalue.
  28
  29
  30 \&By default the starting eigenvector is set to 7, since the first six
  31 \&normal modes are the translational and rotational degrees of freedom.
  32 .SH FILES
  33 .BI "\-v" " eigenvec.trr"
  34 .B Input
  35  Full precision trajectory: trr trj cpt
  36
  37 .BI "\-e" " eigenval.xvg"
  38 .B Input
  39  xvgr/xmgr file
  40
  41 .BI "\-s" " topol.tpr"
  42 .B Input
  43  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  44
  45 .BI "\-n" " index.ndx"
  46 .B Input, Opt.
  47  Index file
  48
  49 .BI "\-o" " ensemble.xtc"
  50 .B Output
  51  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb
  52
  53 .SH OTHER OPTIONS
  54 .BI "\-[no]h"  "no    "
  55  Print help info and quit
  56
  57 .BI "\-[no]version"  "no    "
  58  Print version info and quit
  59
  60 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  61  Set the nicelevel
  62
  63 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
  64  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
  65
  66 .BI "\-temp"  " real" " 300   "
  67  Temperature in Kelvin
  68
  69 .BI "\-seed"  " int" " \-1"
  70  Random seed, \-1 generates a seed from time and pid
  71
  72 .BI "\-num"  " int" " 100"
  73  Number of structures to generate
  74
  75 .BI "\-first"  " int" " 7"
  76  First eigenvector to use (\-1 is select)
  77
  78 .BI "\-last"  " int" " \-1"
  79  Last eigenvector to use (\-1 is till the last)
  80
  81 .SH SEE ALSO
  82 .BR gromacs(7)
  83
  84 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.