man/man1/g_morph.1

   1 .TH g_morph 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_morph - linear interpolation of conformations
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_morph\fP
   8 .BI "\-f1" " conf1.gro "
   9 .BI "\-f2" " conf2.gro "
  10 .BI "\-o" " interm.xtc "
  11 .BI "\-or" " rms\-interm.xvg "
  12 .BI "\-n" " index.ndx "
  13 .BI "\-[no]h" ""
  14 .BI "\-[no]version" ""
  15 .BI "\-nice" " int "
  16 .BI "\-[no]w" ""
  17 .BI "\-xvg" " enum "
  18 .BI "\-ninterm" " int "
  19 .BI "\-first" " real "
  20 .BI "\-last" " real "
  21 .BI "\-[no]fit" ""
  22 .SH DESCRIPTION
  23 \&\fB g_morph\fR does a linear interpolation of conformations in order to
  24 \&create intermediates. Of course these are completely unphysical, but
  25 \&that you may try to justify yourself. Output is in the form of a
  26 \&generic trajectory. The number of intermediates can be controlled with
  27 \&the \fB \-ninterm\fR flag. The first and last flag correspond to the way of
  28 \&interpolating: 0 corresponds to input structure 1 while
  29 \&1 corresponds to input structure 2.
  30 \&If you specify \fB \-first\fR  0 or \fB \-last\fR  1 extrapolation will be
  31 \&on the path from input structure x1 to x2. In general, the coordinates
  32 \&of the intermediate x(i) out of N total intermidates correspond to:
  33
  34
  35 \&x(i) = x1 + (first+(i/(N\-1))*(last\-first))*(x2\-x1)
  36
  37
  38 \&Finally the RMSD with respect to both input structures can be computed
  39 \&if explicitly selected (\fB \-or\fR option). In that case, an index file may be
  40 \&read to select the group from which the RMS is computed.
  41 .SH FILES
  42 .BI "\-f1" " conf1.gro"
  43 .B Input
  44  Structure file: gro g96 pdb tpr etc.
  45
  46 .BI "\-f2" " conf2.gro"
  47 .B Input
  48  Structure file: gro g96 pdb tpr etc.
  49
  50 .BI "\-o" " interm.xtc"
  51 .B Output
  52  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  53
  54 .BI "\-or" " rms\-interm.xvg"
  55 .B Output, Opt.
  56  xvgr/xmgr file
  57
  58 .BI "\-n" " index.ndx"
  59 .B Input, Opt.
  60  Index file
  61
  62 .SH OTHER OPTIONS
  63 .BI "\-[no]h"  "no    "
  64  Print help info and quit
  65
  66 .BI "\-[no]version"  "no    "
  67  Print version info and quit
  68
  69 .BI "\-nice"  " int" " 0"
  70  Set the nicelevel
  71
  72 .BI "\-[no]w"  "no    "
  73  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
  74
  75 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
  76  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
  77
  78 .BI "\-ninterm"  " int" " 11"
  79  Number of intermediates
  80
  81 .BI "\-first"  " real" " 0     "
  82  Corresponds to first generated structure (0 is input x0, see above)
  83
  84 .BI "\-last"  " real" " 1     "
  85  Corresponds to last generated structure (1 is input x1, see above)
  86
  87 .BI "\-[no]fit"  "yes   "
  88  Do a least squares fit of the second to the first structure before interpolating
  89
  90 .SH SEE ALSO
  91 .BR gromacs(7)
  92
  93 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.