man/man1/g_lie.1

   1 .TH g_lie 1 "Fri 18 Jan 2013" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.6"
   2 .SH NAME
   3 g_lie - free energy estimate from linear combinations
   4
   5 .B VERSION 4.5.6
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_lie\fP
   8 .BI "\-f" " ener.edr "
   9 .BI "\-o" " lie.xvg "
  10 .BI "\-[no]h" ""
  11 .BI "\-[no]version" ""
  12 .BI "\-nice" " int "
  13 .BI "\-b" " time "
  14 .BI "\-e" " time "
  15 .BI "\-dt" " time "
  16 .BI "\-[no]w" ""
  17 .BI "\-xvg" " enum "
  18 .BI "\-Elj" " real "
  19 .BI "\-Eqq" " real "
  20 .BI "\-Clj" " real "
  21 .BI "\-Cqq" " real "
  22 .BI "\-ligand" " string "
  23 .SH DESCRIPTION
  24 \&\fB g_lie\fR computes a free energy estimate based on an energy analysis
  25 \&from. One needs an energy file with the following components:
  26 \&Coul (A\-B) LJ\-SR (A\-B) etc.
  27 .SH FILES
  28 .BI "\-f" " ener.edr"
  29 .B Input
  30  Energy file
  31
  32 .BI "\-o" " lie.xvg"
  33 .B Output
  34  xvgr/xmgr file
  35
  36 .SH OTHER OPTIONS
  37 .BI "\-[no]h"  "no    "
  38  Print help info and quit
  39
  40 .BI "\-[no]version"  "no    "
  41  Print version info and quit
  42
  43 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  44  Set the nicelevel
  45
  46 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  47  First frame (ps) to read from trajectory
  48
  49 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  50  Last frame (ps) to read from trajectory
  51
  52 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  53  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  54
  55 .BI "\-[no]w"  "no    "
  56  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
  57
  58 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
  59  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
  60
  61 .BI "\-Elj"  " real" " 0     "
  62  Lennard\-Jones interaction between ligand and solvent
  63
  64 .BI "\-Eqq"  " real" " 0     "
  65  Coulomb interaction between ligand and solvent
  66
  67 .BI "\-Clj"  " real" " 0.181 "
  68  Factor in the LIE equation for Lennard\-Jones component of energy
  69
  70 .BI "\-Cqq"  " real" " 0.5   "
  71  Factor in the LIE equation for Coulomb component of energy
  72
  73 .BI "\-ligand"  " string" " none"
  74  Name of the ligand in the energy file
  75
  76 .SH SEE ALSO
  77 .BR gromacs(7)
  78
  79 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.