man/man1/g_hydorder.1

   1 .TH g_hydorder 1 "Fri 18 Jan 2013" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.6"
   2 .SH NAME
   3 g_hydorder - computes tetrahedrality parameters around a given atom
   4
   5 .B VERSION 4.5.6
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_hydorder\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-n" " index.ndx "
  10 .BI "\-s" " topol.tpr "
  11 .BI "\-o" " intf.xpm "
  12 .BI "\-or" " raw.out "
  13 .BI "\-Spect" " intfspect.out "
  14 .BI "\-[no]h" ""
  15 .BI "\-[no]version" ""
  16 .BI "\-nice" " int "
  17 .BI "\-b" " time "
  18 .BI "\-e" " time "
  19 .BI "\-dt" " time "
  20 .BI "\-[no]w" ""
  21 .BI "\-d" " enum "
  22 .BI "\-bw" " real "
  23 .BI "\-sgang1" " real "
  24 .BI "\-sgang2" " real "
  25 .BI "\-tblock" " int "
  26 .BI "\-nlevel" " int "
  27 .SH DESCRIPTION
  28 \&g_hydorder computes the tetrahedrality order parameters around a
  29 \&given atom. Both angle an distance order parameters are calculated. See
  30 \&P.\-L. Chau and A.J. Hardwick, Mol. Phys., 93, (1998), 511\-518.
  31 \&for more details.
  32 This application calculates the orderparameter in a 3d\-mesh in the box, and
  33 \&with 2 phases in the box gives the user the option to define a 2D interface in time
  34 \&separating the faces by specifying parameters \-sgang1 and \-sgang2 (It is important
  35 \&to select these judiciously)
  36 .SH FILES
  37 .BI "\-f" " traj.xtc"
  38 .B Input
  39  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  40
  41 .BI "\-n" " index.ndx"
  42 .B Input
  43  Index file
  44
  45 .BI "\-s" " topol.tpr"
  46 .B Input
  47  Run input file: tpr tpb tpa
  48
  49 .BI "\-o" " intf.xpm"
  50 .B Output, Mult.
  51  X PixMap compatible matrix file
  52
  53 .BI "\-or" " raw.out"
  54 .B Output, Opt., Mult.
  55  Generic output file
  56
  57 .BI "\-Spect" " intfspect.out"
  58 .B Output, Opt., Mult.
  59  Generic output file
  60
  61 .SH OTHER OPTIONS
  62 .BI "\-[no]h"  "no    "
  63  Print help info and quit
  64
  65 .BI "\-[no]version"  "no    "
  66  Print version info and quit
  67
  68 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  69  Set the nicelevel
  70
  71 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  72  First frame (ps) to read from trajectory
  73
  74 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  75  Last frame (ps) to read from trajectory
  76
  77 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  78  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  79
  80 .BI "\-[no]w"  "no    "
  81  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
  82
  83 .BI "\-d"  " enum" " z"
  84  Direction of the normal on the membrane: \fB z\fR, \fB x\fR or \fB y\fR
  85
  86 .BI "\-bw"  " real" " 1     "
  87  Binwidth of box mesh
  88
  89 .BI "\-sgang1"  " real" " 1     "
  90  tetrahedral angle parameter in Phase 1 (bulk)
  91
  92 .BI "\-sgang2"  " real" " 1     "
  93  tetrahedral angle parameter in Phase 2 (bulk)
  94
  95 .BI "\-tblock"  " int" " 1"
  96  Number of frames in one time\-block average
  97
  98 .BI "\-nlevel"  " int" " 100"
  99  Number of Height levels in 2D \- XPixMaps
 100
 101 .SH SEE ALSO
 102 .BR gromacs(7)
 103
 104 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.