man/man1/g_h2order.1

   1 .TH g_h2order 1 "Fri 18 Jan 2013" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.6"
   2 .SH NAME
   3 g_h2order - computes the orientation of water molecules
   4
   5 .B VERSION 4.5.6
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_h2order\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-n" " index.ndx "
  10 .BI "\-nm" " index.ndx "
  11 .BI "\-s" " topol.tpr "
  12 .BI "\-o" " order.xvg "
  13 .BI "\-[no]h" ""
  14 .BI "\-[no]version" ""
  15 .BI "\-nice" " int "
  16 .BI "\-b" " time "
  17 .BI "\-e" " time "
  18 .BI "\-dt" " time "
  19 .BI "\-[no]w" ""
  20 .BI "\-xvg" " enum "
  21 .BI "\-d" " string "
  22 .BI "\-sl" " int "
  23 .SH DESCRIPTION
  24 \&\fB g_h2order\fR computes the orientation of water molecules with respect to the normal
  25 \&of the box. The program determines the average cosine of the angle
  26 \&between the dipole moment of water and an axis of the box. The box is
  27 \&divided in slices and the average orientation per slice is printed.
  28 \&Each water molecule is assigned to a slice, per time frame, based on the
  29 \&position of the oxygen. When \fB \-nm\fR is used, the angle between the water
  30 \&dipole and the axis from the center of mass to the oxygen is calculated
  31 \&instead of the angle between the dipole and a box axis.
  32 .SH FILES
  33 .BI "\-f" " traj.xtc"
  34 .B Input
  35  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  36
  37 .BI "\-n" " index.ndx"
  38 .B Input
  39  Index file
  40
  41 .BI "\-nm" " index.ndx"
  42 .B Input, Opt.
  43  Index file
  44
  45 .BI "\-s" " topol.tpr"
  46 .B Input
  47  Run input file: tpr tpb tpa
  48
  49 .BI "\-o" " order.xvg"
  50 .B Output
  51  xvgr/xmgr file
  52
  53 .SH OTHER OPTIONS
  54 .BI "\-[no]h"  "no    "
  55  Print help info and quit
  56
  57 .BI "\-[no]version"  "no    "
  58  Print version info and quit
  59
  60 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  61  Set the nicelevel
  62
  63 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  64  First frame (ps) to read from trajectory
  65
  66 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  67  Last frame (ps) to read from trajectory
  68
  69 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  70  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  71
  72 .BI "\-[no]w"  "no    "
  73  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
  74
  75 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
  76  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
  77
  78 .BI "\-d"  " string" " Z"
  79  Take the normal on the membrane in direction X, Y or Z.
  80
  81 .BI "\-sl"  " int" " 0"
  82  Calculate order parameter as function of boxlength, dividing the box in this number of slices.
  83
  84 .SH KNOWN PROBLEMS
  85 \- The program assigns whole water molecules to a slice, based on the first atom of three in the index file group. It assumes an order O,H,H. Name is not important, but the order is. If this demand is not met, assigning molecules to slices is different.
  86
  87 .SH SEE ALSO
  88 .BR gromacs(7)
  89
  90 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.