man/man1/g_dih.1

   1 .TH g_dih 1 "Fri 18 Jan 2013" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.6"
   2 .SH NAME
   3 g_dih - analyzes dihedral transitions
   4
   5 .B VERSION 4.5.6
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_dih\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-o" " hello.out "
  11 .BI "\-[no]h" ""
  12 .BI "\-[no]version" ""
  13 .BI "\-nice" " int "
  14 .BI "\-b" " time "
  15 .BI "\-e" " time "
  16 .BI "\-dt" " time "
  17 .BI "\-[no]w" ""
  18 .BI "\-[no]sa" ""
  19 .BI "\-mult" " int "
  20 .SH DESCRIPTION
  21 \&\fB g_dih\fR can do two things. The default is to analyze dihedral transitions
  22 \&by merely computing all the dihedral angles defined in your topology
  23 \&for the whole trajectory. When a dihedral flips over to another minimum
  24 \&an angle/time plot is made.
  25
  26
  27 \&The opther option is to discretize the dihedral space into a number of
  28 \&bins, and group each conformation in dihedral space in the
  29 \&appropriate bin. The output is then given as a number of dihedral
  30 \&conformations sorted according to occupancy.
  31 .SH FILES
  32 .BI "\-f" " traj.xtc"
  33 .B Input
  34  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  35
  36 .BI "\-s" " topol.tpr"
  37 .B Input
  38  Run input file: tpr tpb tpa
  39
  40 .BI "\-o" " hello.out"
  41 .B Output
  42  Generic output file
  43
  44 .SH OTHER OPTIONS
  45 .BI "\-[no]h"  "no    "
  46  Print help info and quit
  47
  48 .BI "\-[no]version"  "no    "
  49  Print version info and quit
  50
  51 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  52  Set the nicelevel
  53
  54 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  55  First frame (ps) to read from trajectory
  56
  57 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  58  Last frame (ps) to read from trajectory
  59
  60 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  61  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  62
  63 .BI "\-[no]w"  "no    "
  64  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
  65
  66 .BI "\-[no]sa"  "no    "
  67  Perform cluster analysis in dihedral space instead of analysing dihedral transitions.
  68
  69 .BI "\-mult"  " int" " \-1"
  70  mulitiplicity for dihedral angles (by default read from topology)
  71
  72 .SH SEE ALSO
  73 .BR gromacs(7)
  74
  75 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.