man/man1/g_densmap.1

   1 .TH g_densmap 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_densmap - calculates 2D planar or axial-radial density maps
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_densmap\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-od" " densmap.dat "
  12 .BI "\-o" " densmap.xpm "
  13 .BI "\-[no]h" ""
  14 .BI "\-[no]version" ""
  15 .BI "\-nice" " int "
  16 .BI "\-b" " time "
  17 .BI "\-e" " time "
  18 .BI "\-dt" " time "
  19 .BI "\-[no]w" ""
  20 .BI "\-bin" " real "
  21 .BI "\-aver" " enum "
  22 .BI "\-xmin" " real "
  23 .BI "\-xmax" " real "
  24 .BI "\-n1" " int "
  25 .BI "\-n2" " int "
  26 .BI "\-amax" " real "
  27 .BI "\-rmax" " real "
  28 .BI "\-[no]mirror" ""
  29 .BI "\-[no]sums" ""
  30 .BI "\-unit" " enum "
  31 .BI "\-dmin" " real "
  32 .BI "\-dmax" " real "
  33 .SH DESCRIPTION
  34 \&\fB g_densmap\fR computes 2D number\-density maps.
  35 \&It can make planar and axial\-radial density maps.
  36 \&The output \fB .xpm\fR file can be visualized with for instance xv
  37 \&and can be converted to postscript with \fB xpm2ps\fR.
  38 \&Optionally, output can be in text form to a \fB .dat\fR file with \fB \-od\fR, instead of the usual \fB .xpm\fR file with \fB \-o\fR.
  39 \&
  40
  41
  42 \&The default analysis is a 2\-D number\-density map for a selected
  43 \&group of atoms in the x\-y plane.
  44 \&The averaging direction can be changed with the option \fB \-aver\fR.
  45 \&When \fB \-xmin\fR and/or \fB \-xmax\fR are set only atoms that are
  46 \&within the limit(s) in the averaging direction are taken into account.
  47 \&The grid spacing is set with the option \fB \-bin\fR.
  48 \&When \fB \-n1\fR or \fB \-n2\fR is non\-zero, the grid
  49 \&size is set by this option.
  50 \&Box size fluctuations are properly taken into account.
  51 \&
  52
  53
  54 \&When options \fB \-amax\fR and \fB \-rmax\fR are set, an axial\-radial
  55 \&number\-density map is made. Three groups should be supplied, the centers
  56 \&of mass of the first two groups define the axis, the third defines the
  57 \&analysis group. The axial direction goes from \-amax to +amax, where
  58 \&the center is defined as the midpoint between the centers of mass and
  59 \&the positive direction goes from the first to the second center of mass.
  60 \&The radial direction goes from 0 to rmax or from \-rmax to +rmax
  61 \&when the \fB \-mirror\fR option has been set.
  62 \&
  63
  64
  65 \&The normalization of the output is set with the \fB \-unit\fR option.
  66 \&The default produces a true number density. Unit \fB nm\-2\fR leaves out
  67 \&the normalization for the averaging or the angular direction.
  68 \&Option \fB count\fR produces the count for each grid cell.
  69 \&When you do not want the scale in the output to go
  70 \&from zero to the maximum density, you can set the maximum
  71 \&with the option \fB \-dmax\fR.
  72 .SH FILES
  73 .BI "\-f" " traj.xtc"
  74 .B Input
  75  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  76
  77 .BI "\-s" " topol.tpr"
  78 .B Input, Opt.
  79  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  80
  81 .BI "\-n" " index.ndx"
  82 .B Input, Opt.
  83  Index file
  84
  85 .BI "\-od" " densmap.dat"
  86 .B Output, Opt.
  87  Generic data file
  88
  89 .BI "\-o" " densmap.xpm"
  90 .B Output
  91  X PixMap compatible matrix file
  92
  93 .SH OTHER OPTIONS
  94 .BI "\-[no]h"  "no    "
  95  Print help info and quit
  96
  97 .BI "\-[no]version"  "no    "
  98  Print version info and quit
  99
 100 .BI "\-nice"  " int" " 19"
 101  Set the nicelevel
 102
 103 .BI "\-b"  " time" " 0     "
 104  First frame (ps) to read from trajectory
 105
 106 .BI "\-e"  " time" " 0     "
 107  Last frame (ps) to read from trajectory
 108
 109 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 110  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 111
 112 .BI "\-[no]w"  "no    "
 113  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
 114
 115 .BI "\-bin"  " real" " 0.02  "
 116  Grid size (nm)
 117
 118 .BI "\-aver"  " enum" " z"
 119  The direction to average over: \fB z\fR, \fB y\fR or \fB x\fR
 120
 121 .BI "\-xmin"  " real" " \-1    "
 122  Minimum coordinate for averaging
 123
 124 .BI "\-xmax"  " real" " \-1    "
 125  Maximum coordinate for averaging
 126
 127 .BI "\-n1"  " int" " 0"
 128  Number of grid cells in the first direction
 129
 130 .BI "\-n2"  " int" " 0"
 131  Number of grid cells in the second direction
 132
 133 .BI "\-amax"  " real" " 0     "
 134  Maximum axial distance from the center
 135
 136 .BI "\-rmax"  " real" " 0     "
 137  Maximum radial distance
 138
 139 .BI "\-[no]mirror"  "no    "
 140  Add the mirror image below the axial axis
 141
 142 .BI "\-[no]sums"  "no    "
 143  Print density sums (1D map) to stdout
 144
 145 .BI "\-unit"  " enum" " nm\-3"
 146  Unit for the output: \fB nm\-3\fR, \fB nm\-2\fR or \fB count\fR
 147
 148 .BI "\-dmin"  " real" " 0     "
 149  Minimum density in output
 150
 151 .BI "\-dmax"  " real" " 0     "
 152  Maximum density in output (0 means calculate it)
 153
 154 .SH SEE ALSO
 155 .BR gromacs(7)
 156
 157 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.