man/man1/g_angle.1

   1 .TH g_angle 1 "Fri 18 Jan 2013" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.6"
   2 .SH NAME
   3 g_angle - calculates distributions and correlations for angles and dihedrals
   4
   5 .B VERSION 4.5.6
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_angle\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-n" " angle.ndx "
  10 .BI "\-od" " angdist.xvg "
  11 .BI "\-ov" " angaver.xvg "
  12 .BI "\-of" " dihfrac.xvg "
  13 .BI "\-ot" " dihtrans.xvg "
  14 .BI "\-oh" " trhisto.xvg "
  15 .BI "\-oc" " dihcorr.xvg "
  16 .BI "\-or" " traj.trr "
  17 .BI "\-[no]h" ""
  18 .BI "\-[no]version" ""
  19 .BI "\-nice" " int "
  20 .BI "\-b" " time "
  21 .BI "\-e" " time "
  22 .BI "\-dt" " time "
  23 .BI "\-[no]w" ""
  24 .BI "\-xvg" " enum "
  25 .BI "\-type" " enum "
  26 .BI "\-[no]all" ""
  27 .BI "\-binwidth" " real "
  28 .BI "\-[no]periodic" ""
  29 .BI "\-[no]chandler" ""
  30 .BI "\-[no]avercorr" ""
  31 .BI "\-acflen" " int "
  32 .BI "\-[no]normalize" ""
  33 .BI "\-P" " enum "
  34 .BI "\-fitfn" " enum "
  35 .BI "\-ncskip" " int "
  36 .BI "\-beginfit" " real "
  37 .BI "\-endfit" " real "
  38 .SH DESCRIPTION
  39 \&\fB g_angle\fR computes the angle distribution for a number of angles
  40 \&or dihedrals. This way you can check whether your simulation
  41 \&is correct. With option \fB \-ov\fR you can plot the average angle of
  42 \&a group of angles as a function of time. With the \fB \-all\fR option
  43 \&the first graph is the average, the rest are the individual angles.
  44
  45
  46 \&With the \fB \-of\fR option, \fB g_angle\fR also calculates the fraction of trans
  47 \&dihedrals (only for dihedrals) as function of time, but this is
  48 \&probably only fun for a selected few.
  49
  50
  51 \&With option \fB \-oc\fR a dihedral correlation function is calculated.
  52
  53
  54 \&It should be noted that the index file should contain
  55 \&atom\-triples for angles or atom\-quadruplets for dihedrals.
  56 \&If this is not the case, the program will crash.
  57
  58
  59 \&With option \fB \-or\fR a trajectory file is dumped containing cos and
  60 \&sin of selected dihedral angles which subsequently can be used as
  61 \&input for a PCA analysis using \fB g_covar\fR.
  62
  63
  64 \&Option \fB \-ot\fR plots when transitions occur between
  65 \&dihedral rotamers of multiplicity 3 and \fB \-oh\fR
  66 \&records a histogram of the times between such transitions,
  67 \&assuming the input trajectory frames are equally spaced in time.
  68 .SH FILES
  69 .BI "\-f" " traj.xtc"
  70 .B Input
  71  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  72
  73 .BI "\-n" " angle.ndx"
  74 .B Input
  75  Index file
  76
  77 .BI "\-od" " angdist.xvg"
  78 .B Output
  79  xvgr/xmgr file
  80
  81 .BI "\-ov" " angaver.xvg"
  82 .B Output, Opt.
  83  xvgr/xmgr file
  84
  85 .BI "\-of" " dihfrac.xvg"
  86 .B Output, Opt.
  87  xvgr/xmgr file
  88
  89 .BI "\-ot" " dihtrans.xvg"
  90 .B Output, Opt.
  91  xvgr/xmgr file
  92
  93 .BI "\-oh" " trhisto.xvg"
  94 .B Output, Opt.
  95  xvgr/xmgr file
  96
  97 .BI "\-oc" " dihcorr.xvg"
  98 .B Output, Opt.
  99  xvgr/xmgr file
 100
 101 .BI "\-or" " traj.trr"
 102 .B Output, Opt.
 103  Trajectory in portable xdr format
 104
 105 .SH OTHER OPTIONS
 106 .BI "\-[no]h"  "no    "
 107  Print help info and quit
 108
 109 .BI "\-[no]version"  "no    "
 110  Print version info and quit
 111
 112 .BI "\-nice"  " int" " 19"
 113  Set the nicelevel
 114
 115 .BI "\-b"  " time" " 0     "
 116  First frame (ps) to read from trajectory
 117
 118 .BI "\-e"  " time" " 0     "
 119  Last frame (ps) to read from trajectory
 120
 121 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 122  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 123
 124 .BI "\-[no]w"  "no    "
 125  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
 126
 127 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 128  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 129
 130 .BI "\-type"  " enum" " angle"
 131  Type of angle to analyse: \fB angle\fR, \fB dihedral\fR, \fB improper\fR or \fB ryckaert\-bellemans\fR
 132
 133 .BI "\-[no]all"  "no    "
 134  Plot all angles separately in the averages file, in the order of appearance in the index file.
 135
 136 .BI "\-binwidth"  " real" " 1     "
 137  binwidth (degrees) for calculating the distribution
 138
 139 .BI "\-[no]periodic"  "yes   "
 140  Print dihedral angles modulo 360 degrees
 141
 142 .BI "\-[no]chandler"  "no    "
 143  Use Chandler correlation function (N[trans] = 1, N[gauche] = 0) rather than cosine correlation function. Trans is defined as phi  \-60 or phi  60.
 144
 145 .BI "\-[no]avercorr"  "no    "
 146  Average the correlation functions for the individual angles/dihedrals
 147
 148 .BI "\-acflen"  " int" " \-1"
 149  Length of the ACF, default is half the number of frames
 150
 151 .BI "\-[no]normalize"  "yes   "
 152  Normalize ACF
 153
 154 .BI "\-P"  " enum" " 0"
 155  Order of Legendre polynomial for ACF (0 indicates none): \fB 0\fR, \fB 1\fR, \fB 2\fR or \fB 3\fR
 156
 157 .BI "\-fitfn"  " enum" " none"
 158  Fit function: \fB none\fR, \fB exp\fR, \fB aexp\fR, \fB exp_exp\fR, \fB vac\fR, \fB exp5\fR, \fB exp7\fR, \fB exp9\fR or \fB erffit\fR
 159
 160 .BI "\-ncskip"  " int" " 0"
 161  Skip this many points in the output file of correlation functions
 162
 163 .BI "\-beginfit"  " real" " 0     "
 164  Time where to begin the exponential fit of the correlation function
 165
 166 .BI "\-endfit"  " real" " \-1    "
 167  Time where to end the exponential fit of the correlation function, \-1 is until the end
 168
 169 .SH KNOWN PROBLEMS
 170 \- Counting transitions only works for dihedrals with multiplicity 3
 171
 172 .SH SEE ALSO
 173 .BR gromacs(7)
 174
 175 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.