man/man1/editconf.1

   1 .TH editconf 1 "Fri 18 Jan 2013" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.6"
   2 .SH NAME
   3 editconf - edits the box and writes subgroups
   4
   5 .B VERSION 4.5.6
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3editconf\fP
   8 .BI "\-f" " conf.gro "
   9 .BI "\-n" " index.ndx "
  10 .BI "\-o" " out.gro "
  11 .BI "\-mead" " mead.pqr "
  12 .BI "\-bf" " bfact.dat "
  13 .BI "\-[no]h" ""
  14 .BI "\-[no]version" ""
  15 .BI "\-nice" " int "
  16 .BI "\-[no]w" ""
  17 .BI "\-[no]ndef" ""
  18 .BI "\-bt" " enum "
  19 .BI "\-box" " vector "
  20 .BI "\-angles" " vector "
  21 .BI "\-d" " real "
  22 .BI "\-[no]c" ""
  23 .BI "\-center" " vector "
  24 .BI "\-aligncenter" " vector "
  25 .BI "\-align" " vector "
  26 .BI "\-translate" " vector "
  27 .BI "\-rotate" " vector "
  28 .BI "\-[no]princ" ""
  29 .BI "\-scale" " vector "
  30 .BI "\-density" " real "
  31 .BI "\-[no]pbc" ""
  32 .BI "\-resnr" " int "
  33 .BI "\-[no]grasp" ""
  34 .BI "\-rvdw" " real "
  35 .BI "\-[no]sig56" ""
  36 .BI "\-[no]vdwread" ""
  37 .BI "\-[no]atom" ""
  38 .BI "\-[no]legend" ""
  39 .BI "\-label" " string "
  40 .BI "\-[no]conect" ""
  41 .SH DESCRIPTION
  42 \&\fB editconf\fR converts generic structure format to \fB .gro\fR, \fB .g96\fR
  43 \&or \fB .pdb\fR.
  44 \&
  45
  46
  47 \&The box can be modified with options \fB \-box\fR, \fB \-d\fR and
  48 \&\fB \-angles\fR. Both \fB \-box\fR and \fB \-d\fR
  49 \&will center the system in the box, unless \fB \-noc\fR is used.
  50 \&
  51
  52
  53 \&Option \fB \-bt\fR determines the box type: \fB triclinic\fR is a
  54 \&triclinic box, \fB cubic\fR is a rectangular box with all sides equal
  55 \&\fB dodecahedron\fR represents a rhombic dodecahedron and
  56 \&\fB octahedron\fR is a truncated octahedron.
  57 \&The last two are special cases of a triclinic box.
  58 \&The length of the three box vectors of the truncated octahedron is the
  59 \&shortest distance between two opposite hexagons.
  60 \&Relative to a cubic box with some periodic image distance, the volume of a
  61 \&dodecahedron with this same periodic distance is 0.71 times that of the cube,
  62 \&and that of a truncated octahedron is 0.77 times.
  63 \&
  64
  65
  66 \&Option \fB \-box\fR requires only
  67 \&one value for a cubic, rhombic dodecahedral, or truncated octahedral box.
  68 \&
  69
  70
  71 \&With \fB \-d\fR and a \fB triclinic\fR box the size of the system in the \fI x\fR\-, \fI y\fR\-,
  72 \&and \fI z\fR\-directions is used. With \fB \-d\fR and \fB cubic\fR,
  73 \&\fB dodecahedron\fR or \fB octahedron\fR boxes, the dimensions are set
  74 \&to the diameter of the system (largest distance between atoms) plus twice
  75 \&the specified distance.
  76 \&
  77
  78
  79 \&Option \fB \-angles\fR is only meaningful with option \fB \-box\fR and
  80 \&a triclinic box and cannot be used with option \fB \-d\fR.
  81 \&
  82
  83
  84 \&When \fB \-n\fR or \fB \-ndef\fR is set, a group
  85 \&can be selected for calculating the size and the geometric center,
  86 \&otherwise the whole system is used.
  87 \&
  88
  89
  90 \&\fB \-rotate\fR rotates the coordinates and velocities.
  91 \&
  92
  93
  94 \&\fB \-princ\fR aligns the principal axes of the system along the
  95 \&coordinate axes, with the longest axis aligned with the \fI x\fR\-axis.
  96 \&This may allow you to decrease the box volume,
  97 \&but beware that molecules can rotate significantly in a nanosecond.
  98 \&
  99
 100
 101 \&Scaling is applied before any of the other operations are
 102 \&performed. Boxes and coordinates can be scaled to give a certain density (option
 103 \&\fB \-density\fR). Note that this may be inaccurate in case a \fB .gro\fR
 104 \&file is given as input. A special feature of the scaling option is that when the
 105 \&factor \-1 is given in one dimension, one obtains a mirror image,
 106 \&mirrored in one of the planes. When one uses \-1 in three dimensions,
 107 \&a point\-mirror image is obtained.
 108
 109
 110 \&Groups are selected after all operations have been applied.
 111
 112
 113 \&Periodicity can be removed in a crude manner.
 114 \&It is important that the box vectors at the bottom of your input file
 115 \&are correct when the periodicity is to be removed.
 116 \&
 117
 118
 119 \&When writing \fB .pdb\fR files, B\-factors can be
 120 \&added with the \fB \-bf\fR option. B\-factors are read
 121 \&from a file with with following format: first line states number of
 122 \&entries in the file, next lines state an index
 123 \&followed by a B\-factor. The B\-factors will be attached per residue
 124 \&unless an index is larger than the number of residues or unless the
 125 \&\fB \-atom\fR option is set. Obviously, any type of numeric data can
 126 \&be added instead of B\-factors. \fB \-legend\fR will produce
 127 \&a row of CA atoms with B\-factors ranging from the minimum to the
 128 \&maximum value found, effectively making a legend for viewing.
 129 \&
 130
 131
 132 \&With the option \fB \-mead\fR a special \fB .pdb\fR (\fB .pqr\fR)
 133 \&file for the MEAD electrostatics
 134 \&program (Poisson\-Boltzmann solver) can be made. A further prerequisite
 135 \&is that the input file is a run input file.
 136 \&The B\-factor field is then filled with the Van der Waals radius
 137 \&of the atoms while the occupancy field will hold the charge.
 138 \&
 139
 140
 141 \&The option \fB \-grasp\fR is similar, but it puts the charges in the B\-factor
 142 \&and the radius in the occupancy.
 143 \&
 144
 145
 146 \&Option \fB \-align\fR allows alignment
 147 \&of the principal axis of a specified group against the given vector,
 148 \&with an optional center of rotation specified by \fB \-aligncenter\fR.
 149 \&
 150
 151
 152 \&Finally, with option \fB \-label\fR, \fB editconf\fR can add a chain identifier
 153 \&to a \fB .pdb\fR file, which can be useful for analysis with e.g. Rasmol.
 154 \&
 155
 156
 157 \&To convert a truncated octrahedron file produced by a package which uses
 158 \&a cubic box with the corners cut off (such as GROMOS), use:
 159
 160 \&\fB editconf \-f in \-rotate 0 45 35.264 \-bt o \-box veclen \-o out\fR
 161
 162 \&where \fB veclen\fR is the size of the cubic box times sqrt(3)/2.
 163 .SH FILES
 164 .BI "\-f" " conf.gro"
 165 .B Input
 166  Structure file: gro g96 pdb tpr etc.
 167
 168 .BI "\-n" " index.ndx"
 169 .B Input, Opt.
 170  Index file
 171
 172 .BI "\-o" " out.gro"
 173 .B Output, Opt.
 174  Structure file: gro g96 pdb etc.
 175
 176 .BI "\-mead" " mead.pqr"
 177 .B Output, Opt.
 178  Coordinate file for MEAD
 179
 180 .BI "\-bf" " bfact.dat"
 181 .B Input, Opt.
 182  Generic data file
 183
 184 .SH OTHER OPTIONS
 185 .BI "\-[no]h"  "no    "
 186  Print help info and quit
 187
 188 .BI "\-[no]version"  "no    "
 189  Print version info and quit
 190
 191 .BI "\-nice"  " int" " 0"
 192  Set the nicelevel
 193
 194 .BI "\-[no]w"  "no    "
 195  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
 196
 197 .BI "\-[no]ndef"  "no    "
 198  Choose output from default index groups
 199
 200 .BI "\-bt"  " enum" " triclinic"
 201  Box type for \fB \-box\fR and \fB \-d\fR: \fB triclinic\fR, \fB cubic\fR, \fB dodecahedron\fR or \fB octahedron\fR
 202
 203 .BI "\-box"  " vector" " 0 0 0"
 204  Box vector lengths (a,b,c)
 205
 206 .BI "\-angles"  " vector" " 90 90 90"
 207  Angles between the box vectors (bc,ac,ab)
 208
 209 .BI "\-d"  " real" " 0     "
 210  Distance between the solute and the box
 211
 212 .BI "\-[no]c"  "no    "
 213  Center molecule in box (implied by \fB \-box\fR and \fB \-d\fR)
 214
 215 .BI "\-center"  " vector" " 0 0 0"
 216  Coordinates of geometrical center
 217
 218 .BI "\-aligncenter"  " vector" " 0 0 0"
 219  Center of rotation for alignment
 220
 221 .BI "\-align"  " vector" " 0 0 0"
 222  Align to target vector
 223
 224 .BI "\-translate"  " vector" " 0 0 0"
 225  Translation
 226
 227 .BI "\-rotate"  " vector" " 0 0 0"
 228  Rotation around the X, Y and Z axes in degrees
 229
 230 .BI "\-[no]princ"  "no    "
 231  Orient molecule(s) along their principal axes
 232
 233 .BI "\-scale"  " vector" " 1 1 1"
 234  Scaling factor
 235
 236 .BI "\-density"  " real" " 1000  "
 237  Density (g/L) of the output box achieved by scaling
 238
 239 .BI "\-[no]pbc"  "no    "
 240  Remove the periodicity (make molecule whole again)
 241
 242 .BI "\-resnr"  " int" " \-1"
 243   Renumber residues starting from resnr
 244
 245 .BI "\-[no]grasp"  "no    "
 246  Store the charge of the atom in the B\-factor field and the radius of the atom in the occupancy field
 247
 248 .BI "\-rvdw"  " real" " 0.12  "
 249  Default Van der Waals radius (in nm) if one can not be found in the database or if no parameters are present in the topology file
 250
 251 .BI "\-[no]sig56"  "no    "
 252  Use rmin/2 (minimum in the Van der Waals potential) rather than sigma/2
 253
 254 .BI "\-[no]vdwread"  "no    "
 255  Read the Van der Waals radii from the file \fB vdwradii.dat\fR rather than computing the radii based on the force field
 256
 257 .BI "\-[no]atom"  "no    "
 258  Force B\-factor attachment per atom
 259
 260 .BI "\-[no]legend"  "no    "
 261  Make B\-factor legend
 262
 263 .BI "\-label"  " string" " A"
 264  Add chain label for all residues
 265
 266 .BI "\-[no]conect"  "no    "
 267  Add CONECT records to a \fB .pdb\fR file when written. Can only be done when a topology is present
 268
 269 .SH KNOWN PROBLEMS
 270 \- For complex molecules, the periodicity removal routine may break down, in that case you can use \fB trjconv\fR.
 271
 272 .SH SEE ALSO
 273 .BR gromacs(7)
 274
 275 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.