man/man1/do_dssp.1

   1 .TH do_dssp 1 "Fri 18 Jan 2013" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.6"
   2 .SH NAME
   3 do_dssp - assigns secondary structure and calculates solvent accessible surface area
   4
   5 .B VERSION 4.5.6
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3do_dssp\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-ssdump" " ssdump.dat "
  12 .BI "\-map" " ss.map "
  13 .BI "\-o" " ss.xpm "
  14 .BI "\-sc" " scount.xvg "
  15 .BI "\-a" " area.xpm "
  16 .BI "\-ta" " totarea.xvg "
  17 .BI "\-aa" " averarea.xvg "
  18 .BI "\-[no]h" ""
  19 .BI "\-[no]version" ""
  20 .BI "\-nice" " int "
  21 .BI "\-b" " time "
  22 .BI "\-e" " time "
  23 .BI "\-dt" " time "
  24 .BI "\-tu" " enum "
  25 .BI "\-[no]w" ""
  26 .BI "\-xvg" " enum "
  27 .BI "\-sss" " string "
  28 .SH DESCRIPTION
  29 \&\fB do_dssp\fR
  30 \&reads a trajectory file and computes the secondary structure for
  31 \&each time frame
  32 \&calling the dssp program. If you do not have the dssp program,
  33 \&get it from http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp. \fB do_dssp\fR assumes
  34 \&that the dssp executable is located in
  35 \&\fB /usr/local/bin/dssp\fR. If this is not the case, then you should
  36 \&set an environment variable \fB DSSP\fR pointing to the dssp
  37 \&executable, e.g.:
  38
  39
  40 \&\fB setenv DSSP /opt/dssp/bin/dssp\fR
  41
  42
  43 \&The structure assignment for each residue and time is written to an
  44 \&\fB .xpm\fR matrix file. This file can be visualized with for instance
  45 \&\fB xv\fR and can be converted to postscript with \fB xpm2ps\fR.
  46 \&Individual chains are separated by light grey lines in the \fB .xpm\fR and
  47 \&postscript files.
  48 \&The number of residues with each secondary structure type and the
  49 \&total secondary structure (\fB \-sss\fR) count as a function of
  50 \&time are also written to file (\fB \-sc\fR).
  51
  52
  53 \&Solvent accessible surface (SAS) per residue can be calculated, both in
  54 \&absolute values (A2) and in fractions of the maximal accessible
  55 \&surface of a residue. The maximal accessible surface is defined as
  56 \&the accessible surface of a residue in a chain of glycines.
  57 \&\fB Note\fR that the program \fB g_sas\fR can also compute SAS
  58 \&and that is more efficient.
  59
  60
  61 \&Finally, this program can dump the secondary structure in a special file
  62 \&\fB ssdump.dat\fR for usage in the program \fB g_chi\fR. Together
  63 \&these two programs can be used to analyze dihedral properties as a
  64 \&function of secondary structure type.
  65 .SH FILES
  66 .BI "\-f" " traj.xtc"
  67 .B Input
  68  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  69
  70 .BI "\-s" " topol.tpr"
  71 .B Input
  72  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  73
  74 .BI "\-n" " index.ndx"
  75 .B Input, Opt.
  76  Index file
  77
  78 .BI "\-ssdump" " ssdump.dat"
  79 .B Output, Opt.
  80  Generic data file
  81
  82 .BI "\-map" " ss.map"
  83 .B Input, Lib.
  84  File that maps matrix data to colors
  85
  86 .BI "\-o" " ss.xpm"
  87 .B Output
  88  X PixMap compatible matrix file
  89
  90 .BI "\-sc" " scount.xvg"
  91 .B Output
  92  xvgr/xmgr file
  93
  94 .BI "\-a" " area.xpm"
  95 .B Output, Opt.
  96  X PixMap compatible matrix file
  97
  98 .BI "\-ta" " totarea.xvg"
  99 .B Output, Opt.
 100  xvgr/xmgr file
 101
 102 .BI "\-aa" " averarea.xvg"
 103 .B Output, Opt.
 104  xvgr/xmgr file
 105
 106 .SH OTHER OPTIONS
 107 .BI "\-[no]h"  "no    "
 108  Print help info and quit
 109
 110 .BI "\-[no]version"  "no    "
 111  Print version info and quit
 112
 113 .BI "\-nice"  " int" " 19"
 114  Set the nicelevel
 115
 116 .BI "\-b"  " time" " 0     "
 117  First frame (ps) to read from trajectory
 118
 119 .BI "\-e"  " time" " 0     "
 120  Last frame (ps) to read from trajectory
 121
 122 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 123  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 124
 125 .BI "\-tu"  " enum" " ps"
 126  Time unit: \fB fs\fR, \fB ps\fR, \fB ns\fR, \fB us\fR, \fB ms\fR or \fB s\fR
 127
 128 .BI "\-[no]w"  "no    "
 129  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
 130
 131 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 132  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 133
 134 .BI "\-sss"  " string" " HEBT"
 135  Secondary structures for structure count
 136
 137 .SH SEE ALSO
 138 .BR gromacs(7)
 139
 140 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.