include/vcm.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 #ifndef _vcm_h
  40 #define _vcm_h
  41
  42 #include "sysstuff.h"
  43 #include "typedefs.h"
  44
  45 #ifdef __cplusplus
  46 extern "C" {
  47 #endif
  48
  49
  50 typedef struct {
  51   int    nr;                   /* Number of groups                    */
  52   int    mode;                 /* One of the enums above              */
  53   gmx_bool   ndim;                 /* The number of dimensions for corr.  */
  54   real   *group_ndf;           /* Number of degrees of freedom        */
  55   rvec   *group_p;             /* Linear momentum per group           */
  56   rvec   *group_v;             /* Linear velocity per group           */
  57   rvec   *group_x;             /* Center of mass per group            */
  58   rvec   *group_j;             /* Angular momentum per group          */
  59   rvec   *group_w;             /* Angular velocity (omega)            */
  60   tensor *group_i;             /* Moment of inertia per group         */
  61   real   *group_mass;          /* Mass per group                      */
  62   char   **group_name;         /* These two are copies to pointers in */
  63 } t_vcm;
  64
  65 t_vcm *init_vcm(FILE *fp,gmx_groups_t *groups,t_inputrec *ir);
  66
  67 /* Do a per group center of mass things */
  68 void calc_vcm_grp(FILE *fp,int start,int homenr,t_mdatoms *md,
  69                          rvec x[],rvec v[],t_vcm *vcm);
  70
  71 void do_stopcm_grp(FILE *fp,int start,int homenr,
  72                           unsigned short *group_id,
  73                           rvec x[],rvec v[],t_vcm *vcm);
  74
  75 void check_cm_grp(FILE *fp,t_vcm *vcm,t_inputrec *ir,real Temp_Max);
  76
  77
  78 #ifdef __cplusplus
  79 }
  80 #endif
  81
  82
  83 #endif /* _vcm_h */