include/vcm.h

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.0
  11  *
  12  * Copyright (c) 1991-2001
  13  * BIOSON Research Institute, Dept. of Biophysical Chemistry
  14  * University of Groningen, The Netherlands
  15  *
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * Do check out http://www.gromacs.org , or mail us at gromacs@gromacs.org .
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * Good ROcking Metal Altar for Chronical Sinners
  35  */
  36
  37 #ifndef _vcm_h
  38 #define _vcm_h
  39
  40 static char *SRCID_vcm_h = "$Id$";
  41 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  42 #include <config.h>
  43 #endif
  44
  45 #ifdef HAVE_IDENT
  46 #ident  "@(#) vcm.h 1.9 9/29/97"
  47 #endif /* HAVE_IDENT */
  48 #include "sysstuff.h"
  49 #include "typedefs.h"
  50
  51 typedef struct {
  52   int  nr;
  53   rvec *group_mvcm;
  54   real *group_mass;
  55   char **group_name;         /* These two are copies to pointers in */
  56   unsigned short *group_id;  /* other structures.                   */
  57 } t_vcm;
  58
  59 t_vcm *init_vcm(FILE *fp,t_topology *top,t_mdatoms *md,
  60                 int start,int homenr,int nstcomm);
  61
  62 extern void calc_vcm(FILE *log,int homenr,int start,
  63                      real mass[],rvec v[],rvec vcm);
  64
  65 extern void do_stopcm(FILE *log,int homenr,int start,
  66                       rvec v[],rvec mvcm,real tm,real invmass[]);
  67
  68 extern void check_cm(FILE *log,rvec mvcm,real tm);
  69
  70 /* remove global rotation of system by fitting to structure of nstcomm
  71    steps ago */
  72 extern void do_stoprot(FILE *log, int natoms, rvec box, rvec x[],
  73                        real mass[]);
  74
  75 /* Do a per group center of mass things */
  76 extern void calc_vcm_grp(FILE *log,int homenr,int start,real mass[],rvec v[],
  77                          t_vcm *vcm);
  78
  79 extern void do_stopcm_grp(FILE *log,int homenr,int start,rvec v[],
  80                           t_vcm *vcm,real invmass[]);
  81
  82 extern void check_cm_grp(FILE *log,t_vcm *vcm);
  83
  84 #endif /* _vcm_h */