include/vcm.h

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *       This source code is part of
   5  *
   6  *        G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  * GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *               VERSION 2.0
  11  *
  12  * Copyright (c) 1991-1999
  13  * BIOSON Research Institute, Dept. of Biophysical Chemistry
  14  * University of Groningen, The Netherlands
  15  *
  16  * Please refer to:
  17  * GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementation
  18  * H.J.C. Berendsen, D. van der Spoel and R. van Drunen
  19  * Comp. Phys. Comm. 91, 43-56 (1995)
  20  *
  21  * Also check out our WWW page:
  22  * http://md.chem.rug.nl/~gmx
  23  * or e-mail to:
  24  * gromacs@chem.rug.nl
  25  *
  26  * And Hey:
  27  * Green Red Orange Magenta Azure Cyan Skyblue
  28  */
  29
  30 #ifndef _vcm_h
  31 #define _vcm_h
  32
  33 static char *SRCID_vcm_h = "$Id$";
  34
  35 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  36 #include <config.h>
  37 #endif
  38
  39 #ifdef HAVE_IDENT
  40 #ident  "@(#) vcm.h 1.9 9/29/97"
  41 #endif /* HAVE_IDENT */
  42 #include "sysstuff.h"
  43 #include "typedefs.h"
  44
  45 typedef struct {
  46   int  nr;
  47   rvec *group_mvcm;
  48   real *group_mass;
  49   char **group_name;         /* These two are copies to pointers in */
  50   unsigned short *group_id;  /* other structures.                   */
  51 } t_vcm;
  52
  53 t_vcm *init_vcm(FILE *fp,t_topology *top,t_mdatoms *md,
  54                 int start,int homenr,int nstcomm);
  55
  56 extern void calc_vcm(FILE *log,int homenr,int start,
  57                      real mass[],rvec v[],rvec vcm);
  58
  59 extern void do_stopcm(FILE *log,int homenr,int start,
  60                       rvec v[],rvec mvcm,real tm,real invmass[]);
  61
  62 extern void check_cm(FILE *log,rvec mvcm,real tm);
  63
  64 /* remove global rotation of system by fitting to structure of nstcomm
  65    steps ago */
  66 extern void do_stoprot(FILE *log, int natoms, rvec box, rvec x[],
  67                        real mass[]);
  68
  69 /* Do a per group center of mass things */
  70 extern void calc_vcm_grp(FILE *log,int homenr,int start,real mass[],rvec v[],
  71                          t_vcm *vcm);
  72
  73 extern void do_stopcm_grp(FILE *log,int homenr,int start,rvec v[],
  74                           t_vcm *vcm,real invmass[]);
  75
  76 extern void check_cm_grp(FILE *log,t_vcm *vcm);
  77
  78 #endif /* _vcm_h */