include/types/trx.h

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.0
  11  *
  12  * Copyright (c) 1991-2001
  13  * BIOSON Research Institute, Dept. of Biophysical Chemistry
  14  * University of Groningen, The Netherlands
  15  *
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * Do check out http://www.gromacs.org , or mail us at gromacs@gromacs.org .
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * Good ROcking Metal Altar for Chronical Sinners
  35  */
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 /* The bools indicate whether a field was read from the trajectory.
  41  * Do not try to use a pointer when its bool is FALSE, as memory might
  42  * not be allocated.
  43  */
  44 typedef struct
  45 {
  46   int  flags;     /* flags for read_first/next_frame  */
  47   int  not_ok;    /* integrity flags (see statutil.h  */
  48   int  natoms;    /* number of atoms (atoms, x, v, f) */
  49   real t0;        /* time of the first frame, needed  *
  50                    * for skipping frames with -dt     */
  51   real tpf;       /* time of the previous frame, not  */
  52                   /* the read, but real file frames   */
  53   real tppf;      /* time of two frames ago           */
  54                   /* tpf and tppf are needed to       */
  55                   /* correct rounding errors for -e   */
  56   bool bTitle;
  57   char *title;    /* title of the frame               */
  58   bool bStep;
  59   int  step;      /* MD step number                   */
  60   bool bTime;
  61   real time;      /* time of the frame                */
  62   bool bLambda;
  63   real lambda;    /* free energy perturbation lambda  */
  64   bool bAtoms;
  65   t_atoms *atoms; /* atoms struct (natoms)            */
  66   bool bPrec;
  67   real prec;      /* precision of x, fraction of 1 nm */
  68   bool bX;
  69   rvec *x;        /* coordinates (natoms)             */
  70   bool bV;
  71   rvec *v;        /* velocities (natoms)              */
  72   bool bF;
  73   rvec *f;        /* forces (natoms)                  */
  74   bool bBox;
  75   matrix box;     /* the 3 box vectors                */
  76 } t_trxframe;
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