include/types/trx.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 /* The gmx_bools indicate whether a field was read from the trajectory.
  40  * Do not try to use a pointer when its gmx_bool is FALSE, as memory might
  41  * not be allocated.
  42  */
  43
  44 #ifndef _trx_h
  45 #define _trx_h
  46
  47 #include "atoms.h"
  48
  49 #ifdef __cplusplus
  50 extern "C" {
  51 #endif
  52
  53 typedef struct gmxvmdplugin t_gmxvmdplugin;
  54
  55 typedef struct trxframe
  56 {
  57   int  flags;     /* flags for read_first/next_frame  */
  58   int  not_ok;    /* integrity flags (see statutil.h  */
  59   gmx_bool bDouble;   /* Double precision?                */
  60   int  natoms;    /* number of atoms (atoms, x, v, f) */
  61   real t0;        /* time of the first frame, needed  *
  62                    * for skipping frames with -dt     */
  63   real tpf;       /* time of the previous frame, not  */
  64                   /* the read, but real file frames   */
  65   real tppf;      /* time of two frames ago           */
  66                   /* tpf and tppf are needed to       */
  67                   /* correct rounding errors for -e   */
  68   gmx_bool bTitle;
  69   const char *title; /* title of the frame            */
  70   gmx_bool bStep;
  71   int  step;      /* MD step number                   */
  72   gmx_bool bTime;
  73   real time;      /* time of the frame                */
  74   gmx_bool bLambda;
  75   gmx_bool bFepState; /* does it contain fep_state?       */
  76   real lambda;    /* free energy perturbation lambda  */
  77   int  fep_state; /* which fep state are we in? */
  78   gmx_bool bAtoms;
  79   t_atoms *atoms; /* atoms struct (natoms)            */
  80   gmx_bool bPrec;
  81   real prec;      /* precision of x, fraction of 1 nm */
  82   gmx_bool bX;
  83   rvec *x;        /* coordinates (natoms)             */
  84   gmx_bool bV;
  85   rvec *v;        /* velocities (natoms)              */
  86   gmx_bool bF;
  87   rvec *f;        /* forces (natoms)                  */
  88   gmx_bool bBox;
  89   matrix box;     /* the 3 box vectors                */
  90   gmx_bool bPBC;
  91   int  ePBC;      /* the type of pbc                  */
  92   t_gmxvmdplugin* vmdplugin;
  93 } t_trxframe;
  94
  95 #ifdef __cplusplus
  96 }
  97 #endif
  98
  99 #endif