include/types/trx.h

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *       This source code is part of
   5  *
   6  *        G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  * GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *               VERSION 2.0
  11  *
  12  * Copyright (c) 1991-1999
  13  * BIOSON Research Institute, Dept. of Biophysical Chemistry
  14  * University of Groningen, The Netherlands
  15  *
  16  * Please refer to:
  17  * GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementation
  18  * H.J.C. Berendsen, D. van der Spoel and R. van Drunen
  19  * Comp. Phys. Comm. 91, 43-56 (1995)
  20  *
  21  * Also check out our WWW page:
  22  * http://md.chem.rug.nl/~gmx
  23  * or e-mail to:
  24  * gromacs@chem.rug.nl
  25  *
  26  * And Hey:
  27  * Green Red Orange Magenta Azure Cyan Skyblue
  28  */
  29
  30 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  31 #include <config.h>
  32 #endif
  33
  34 /* The bools indicate whether a field was read from the trajectory.
  35  * Do not try to use a pointer when its bool is FALSE, as memory might
  36  * not be allocated.
  37  */
  38 typedef struct
  39 {
  40   int  flags;     /* flags for read_first/next_frame  */
  41   int  not_ok;    /* integrity flags (see statutil.h  */
  42   int  natoms;    /* number of atoms (atoms, x, v, f) */
  43   real t0;        /* time of the first frame, needed  *
  44                    * for skipping frames with -dt     */
  45   bool bTitle;
  46   char *title;    /* title of the frame               */
  47   bool bStep;
  48   int  step;      /* MD step number                   */
  49   bool bTime;
  50   real time;      /* time of the frame                */
  51   bool bLambda;
  52   real lambda;    /* free energy perturbation lambda  */
  53   bool bAtoms;
  54   t_atoms *atoms; /* atoms struct (natoms)            */
  55   bool bPrec;
  56   real prec;      /* precision of x, fraction of 1 nm */
  57   bool bX;
  58   rvec *x;        /* coordinates (natoms)             */
  59   bool bV;
  60   rvec *v;        /* velocities (natoms)              */
  61   bool bF;
  62   rvec *f;        /* forces (natoms)                  */
  63   bool bBox;
  64   matrix box;     /* the 3 box vectors                */
  65 } t_trxframe;
  66