include/types/topology.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 #include "atoms.h"
  40 #include "idef.h"
  41 #include "block.h"
  42 #include "simple.h"
  43 #include "symtab.h"
  44
  45 #ifdef __cplusplus
  46 extern "C" {
  47 #endif
  48
  49 enum {
  50   egcTC,    egcENER,   egcACC, egcFREEZE,
  51   egcUser1, egcUser2,  egcVCM, egcXTC,
  52   egcORFIT, egcQMMM,
  53   egcNR
  54 };
  55
  56 typedef struct {
  57   char          **name;         /* Name of the molecule type            */
  58   t_atoms       atoms;          /* The atoms                            */
  59   t_ilist       ilist[F_NRE];
  60   t_block       cgs;            /* The charge groups                    */
  61   t_blocka      excls;          /* The exclusions                       */
  62 } gmx_moltype_t;
  63
  64 typedef struct {
  65   int           type;           /* The molcule type index in mtop.moltype */
  66   int           nmol;           /* The number of molecules in this block  */
  67   int           natoms_mol;     /* The number of atoms in one molecule    */
  68   int           nposres_xA;     /* The number of posres coords for top A  */
  69   rvec          *posres_xA;     /* The posres coords for top A            */
  70   int           nposres_xB;     /* The number of posres coords for top B  */
  71   rvec          *posres_xB;     /* The posres coords for top B            */
  72 } gmx_molblock_t;
  73
  74 typedef struct {
  75   t_grps         grps[egcNR];   /* Groups of things                     */
  76   int            ngrpname;      /* Number of groupnames                 */
  77   char           ***grpname;    /* Names of the groups                  */
  78   int            ngrpnr[egcNR];
  79   unsigned char  *grpnr[egcNR]; /* Group numbers or NULL                */
  80 } gmx_groups_t;
  81
  82 /* This macro gives the group number of group type egc for atom i.
  83  * This macro is useful, since the grpnr pointers are NULL
  84  * for group types that have all entries 0.
  85  */
  86 #define ggrpnr(groups,egc,i) ((groups)->grpnr[egc] ? (groups)->grpnr[egc][i] : 0)
  87
  88 /* The global, complete system topology struct, based on molecule types.
  89    This structure should contain no data that is O(natoms) in memory. */
  90 typedef struct {
  91   char           **name;        /* Name of the topology                 */
  92   gmx_ffparams_t ffparams;
  93   int            nmoltype;
  94   gmx_moltype_t  *moltype;
  95   int            nmolblock;
  96   gmx_molblock_t *molblock;
  97   int            natoms;
  98   int            maxres_renum;  /* Parameter for residue numbering      */
  99   int            maxresnr;      /* The maximum residue number in moltype */
 100   t_atomtypes    atomtypes;     /* Atomtype properties                  */
 101   t_block        mols;          /* The molecules                        */
 102   gmx_groups_t   groups;
 103   t_symtab       symtab;        /* The symbol table                     */
 104 } gmx_mtop_t;
 105
 106 /* The mdrun node-local topology struct, completely written out */
 107 typedef struct {
 108   t_idef        idef;           /* The interaction function definition  */
 109   t_atomtypes   atomtypes;      /* Atomtype properties                  */
 110   t_block       cgs;            /* The charge groups                    */
 111   t_blocka      excls;          /* The exclusions                       */
 112 } gmx_localtop_t;
 113
 114 /* The old topology struct, completely written out, used in analysis tools */
 115 typedef struct {
 116   char          **name;         /* Name of the topology                 */
 117   t_idef        idef;           /* The interaction function definition  */
 118   t_atoms       atoms;          /* The atoms                            */
 119   t_atomtypes   atomtypes;      /* Atomtype properties                  */
 120   t_block       cgs;            /* The charge groups                    */
 121   t_block       mols;           /* The molecules                        */
 122   t_blocka      excls;          /* The exclusions                       */
 123   t_symtab      symtab;         /* The symbol table                     */
 124 } t_topology;
 125
 126 #ifdef __cplusplus
 127 }
 128 #endif
 129