include/types/nsgrid.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #ifndef _nsgrid_h
  39 #define _nsgrid_h
  40
  41
  42 #include "simple.h"
  43
  44 #ifdef __cplusplus
  45 extern "C" {
  46 #endif
  47
  48
  49 typedef struct {
  50   int    nr;            /* Total number of charge groups        */
  51   int    nboundeddim;   /* The number of bounded dimensions     */
  52   int    npbcdim;       /* The number of dimensions with pbc    */
  53   int    ncg_ideal;     /* The ideal number of cg's per cell    */
  54   ivec   n;             /* The dimension of the grid            */
  55   int    ncells;        /* Total number of cells                */
  56   int    cells_nalloc;  /* Allocation size of index and nra     */
  57   ivec   ncpddc;        /* The number of cells per DD cell      */
  58   rvec   cell_size;     /* The size of the cells                */
  59   rvec   cell_offset;   /* The offset of the cell (0,0,0)       */
  60   int    *cell_index;   /* The cell number of each cg           */
  61   int    *index;        /* The index into a for each cell       */
  62                         /* The location of the cell in the index*/
  63                         /* array can be found by calling xyz2ci */
  64   int    *nra;          /* The number of entries in a cell      */
  65   int    icg0;          /* The start of the i-cg range          */
  66   int    icg1;          /* The end of the i-cg range            */
  67   rvec   *os0;
  68   rvec   *os1;
  69   int    *a;            /* The grid of cgs                      */
  70   int    nr_alloc;      /* Allocation size of cell_index and a  */
  71   real   *dcx2;         /* Squared distance from atom to j-cell */
  72   real   *dcy2;         /* Squared distance from atom to j-cell */
  73   real   *dcz2;         /* Squared distance from atom to j-cell */
  74   int    dc_nalloc;     /* Allocation size of dcx2, dyc2, dcz2  */
  75 } t_grid;
  76
  77 #ifdef __cplusplus
  78 }
  79 #endif
  80
  81 #endif