include/types/nsgrid.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * GRoups of Organic Molecules in ACtion for Science
  34  */
  35 #ifndef _nsgrid_h
  36 #define _nsgrid_h
  37
  38
  39 #include "simple.h"
  40
  41 #ifdef __cplusplus
  42 extern "C" {
  43 #endif
  44
  45
  46 typedef struct {
  47   int    nr;            /* Total number of charge groups        */
  48   int    nboundeddim;   /* The number of bounded dimensions     */
  49   int    npbcdim;       /* The number of dimensions with pbc    */
  50   int    ncg_ideal;     /* The ideal number of cg's per cell    */
  51   ivec   n;             /* The dimension of the grid            */
  52   int    ncells;        /* Total number of cells                */
  53   int    cells_nalloc;  /* Allocation size of index and nra     */
  54   ivec   ncpddc;        /* The number of cells per DD cell      */
  55   rvec   cell_size;     /* The size of the cells                */
  56   rvec   cell_offset;   /* The offset of the cell (0,0,0)       */
  57   int    *cell_index;   /* The cell number of each cg           */
  58   int    *index;        /* The index into a for each cell       */
  59                         /* The location of the cell in the index*/
  60                         /* array can be found by calling xyz2ci */
  61   int    *nra;          /* The number of entries in a cell      */
  62   int    icg0;          /* The start of the i-cg range          */
  63   int    icg1;          /* The end of the i-cg range            */
  64   rvec   *os0;
  65   rvec   *os1;
  66   int    *a;            /* The grid of cgs                      */
  67   int    nr_alloc;      /* Allocation size of cell_index and a  */
  68   real   *dcx2;         /* Squared distance from atom to j-cell */
  69   real   *dcy2;         /* Squared distance from atom to j-cell */
  70   real   *dcz2;         /* Squared distance from atom to j-cell */
  71   int    dc_nalloc;     /* Allocation size of dcx2, dyc2, dcz2  */
  72 } t_grid;
  73
  74 #ifdef __cplusplus
  75 }
  76 #endif
  77
  78 #endif