include/types/ns.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 #include "nsgrid.h"
  40 #include "nblist.h"
  41
  42 #ifdef __cplusplus
  43 extern "C" {
  44 #endif
  45
  46 enum { eNL_VDWQQ, eNL_VDW, eNL_QQ,
  47        eNL_VDWQQ_FREE, eNL_VDW_FREE, eNL_QQ_FREE,
  48        eNL_VDWQQ_WATER, eNL_QQ_WATER,
  49        eNL_VDWQQ_WATERWATER, eNL_QQ_WATERWATER,
  50        eNL_NR };
  51
  52 #define MAX_CG 1024
  53
  54 typedef struct {
  55   int     ncg;
  56   int     nj;
  57   atom_id jcg[MAX_CG];
  58 } t_ns_buf;
  59
  60 typedef struct {
  61   gmx_bool     bCGlist;
  62   atom_id  *simple_aaj;
  63   t_grid   *grid;
  64   t_excl   *bexcl;
  65   gmx_bool     *bHaveVdW;
  66   t_ns_buf **ns_buf;
  67   gmx_bool     *bExcludeAlleg;
  68   int      nra_alloc;
  69   int      cg_alloc;
  70   atom_id  **nl_sr;
  71   int      *nsr;
  72   atom_id  **nl_lr_ljc;
  73   atom_id  **nl_lr_one;
  74   int      *nlr_ljc;
  75   int      *nlr_one;
  76   /* the nblists should probably go in here */
  77   gmx_bool     nblist_initialized; /* has the nblist been initialized?  */
  78   int      dump_nl; /* neighbour list dump level (from env. var. GMX_DUMP_NL)*/
  79 } gmx_ns_t;
  80
  81 #ifdef __cplusplus
  82 }
  83 #endif
  84