include/types/nblist.h

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.0
  11  *
  12  * Copyright (c) 1991-2001
  13  * BIOSON Research Institute, Dept. of Biophysical Chemistry
  14  * University of Groningen, The Netherlands
  15  *
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * Do check out http://www.gromacs.org , or mail us at gromacs@gromacs.org .
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * Good ROcking Metal Altar for Chronical Sinners
  35  */
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 typedef struct {
  41   int     il_code;             /* Code that determines the innerloop    */
  42                                /* corresponding to codes in nrnb.h      */
  43   int     nri,maxnri;          /* Current/max number of i particles     */
  44   int     nrj,maxnrj;          /* Current/max number of j particles     */
  45   int     maxlen;              /* maxnr of j atoms for a single i atom  */
  46   int     solvent;             /* type of solvent optimization          */
  47   atom_id *iinr;               /* The i-elements                        */
  48   int     *gid;                /* Index in energy arrays                */
  49   int     *shift;              /* Shift vector index                    */
  50   int     *jindex;             /* Index in jjnr                         */
  51   atom_id *jjnr;               /* The j-atom list                       */
  52   int     *nsatoms;            /* list with number of atoms for general */
  53                                /* solvents. There are two entries for   */
  54                                /* each molecule - first is total natoms */
  55                                /* and second how many at the beginning  */
  56                                /* have LJ interactions.                 */
  57                                /* This is NOT used for water!           */
  58 #ifdef USE_THREADS
  59   int      count;              /* counter to multithread the innerloops */
  60   pthread_mutex_t *mtx;        /* mutex to lock the counter             */
  61 #else
  62   int      pad1,*pad2;         /* padding to make size constant         */
  63 #endif
  64 } t_nblist;
  65
  66 /* For atom I =  nblist->iinr[N] (0 <= N < nblist->nri) there can be
  67  * several neighborlists (N's), for different energy groups (gid) and
  68  * different shifts (shift).
  69  * For corresponding J atoms for each list are are:
  70  * nblist->jjnr[JI]
  71  * with nblist->jindex[N] <= JI < nblist->jindex[N+1]
  72  *
  73  * Clear?
  74  */
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