include/types/mdatom.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * GRoups of Organic Molecules in ACtion for Science
  34  */
  35
  36 #ifndef _mdatom_h
  37 #define _mdatom_h
  38
  39 #include "simple.h"
  40
  41 #ifdef __cplusplus
  42 extern "C" {
  43 #endif
  44
  45
  46 #define  NO_TF_TABLE 255
  47 #define  DEFAULT_TF_TABLE 0
  48
  49 typedef struct {
  50   real          tmassA,tmassB,tmass;
  51   int           nr;
  52   int           nalloc;
  53   int           nenergrp;
  54   gmx_bool          bVCMgrps;
  55   int           nPerturbed;
  56   int           nMassPerturbed;
  57   int           nChargePerturbed;
  58   gmx_bool          bOrires;
  59   real          *massA,*massB,*massT,*invmass;
  60   real          *chargeA,*chargeB;
  61   gmx_bool          *bPerturbed;
  62   int           *typeA,*typeB;
  63   unsigned short        *ptype;
  64   unsigned short        *cTC,*cENER,*cACC,*cFREEZE,*cVCM;
  65   unsigned short        *cU1,*cU2,*cORF;
  66   /* for QMMM, atomnumber contains atomic number of the atoms */
  67   gmx_bool          *bQM;
  68   /* The range of home atoms */
  69   int           start;
  70   int           homenr;
  71   /* The lambda value used to create the contents of the struct */
  72   real          lambda;
  73   /* The AdResS weighting function */
  74   real          *wf;
  75   gmx_bool          pureex;
  76   gmx_bool          purecg;
  77   unsigned short  *tf_table_index; /* The tf table that will be applied, if thermodyn, force enabled*/
  78 } t_mdatoms;
  79
  80 #ifdef __cplusplus
  81 }
  82 #endif
  83
  84
  85 #endif