include/types/mdatom.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 #ifndef _mdatom_h
  40 #define _mdatom_h
  41
  42 #include "simple.h"
  43
  44 #ifdef __cplusplus
  45 extern "C" {
  46 #endif
  47
  48
  49 #define  NO_TF_TABLE 255
  50 #define  DEFAULT_TF_TABLE 0
  51
  52 typedef struct {
  53   real          tmassA,tmassB,tmass;
  54   int           nr;
  55   int           nalloc;
  56   int           nenergrp;
  57   gmx_bool          bVCMgrps;
  58   int           nPerturbed;
  59   int           nMassPerturbed;
  60   int           nChargePerturbed;
  61   gmx_bool          bOrires;
  62   real          *massA,*massB,*massT,*invmass;
  63   real          *chargeA,*chargeB;
  64   gmx_bool          *bPerturbed;
  65   int           *typeA,*typeB;
  66   unsigned short        *ptype;
  67   unsigned short        *cTC,*cENER,*cACC,*cFREEZE,*cVCM;
  68   unsigned short        *cU1,*cU2,*cORF;
  69   /* for QMMM, atomnumber contains atomic number of the atoms */
  70   gmx_bool          *bQM;
  71   /* The range of home atoms */
  72   int           start;
  73   int           homenr;
  74   /* The lambda value used to create the contents of the struct */
  75   real          lambda;
  76   /* The AdResS weighting function */
  77   real          *wf;
  78   gmx_bool          pureex;
  79   gmx_bool          purecg;
  80   unsigned short  *tf_table_index; /* The tf table that will be applied, if thermodyn, force enabled*/
  81 } t_mdatoms;
  82
  83 #ifdef __cplusplus
  84 }
  85 #endif
  86
  87
  88 #endif