include/types/inputrec.h

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *       This source code is part of
   5  *
   6  *        G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  * GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *               VERSION 2.0
  11  *
  12  * Copyright (c) 1991-1999
  13  * BIOSON Research Institute, Dept. of Biophysical Chemistry
  14  * University of Groningen, The Netherlands
  15  *
  16  * Please refer to:
  17  * GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementation
  18  * H.J.C. Berendsen, D. van der Spoel and R. van Drunen
  19  * Comp. Phys. Comm. 91, 43-56 (1995)
  20  *
  21  * Also check out our WWW page:
  22  * http://md.chem.rug.nl/~gmx
  23  * or e-mail to:
  24  * gromacs@chem.rug.nl
  25  *
  26  * And Hey:
  27  * Green Red Orange Magenta Azure Cyan Skyblue
  28  */
  29
  30 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  31 #include <config.h>
  32 #endif
  33
  34 typedef struct {
  35   int  n;               /* Number of terms                              */
  36   real *a;              /* Coeffients (V / nm )                         */
  37   real *phi;            /* Phase angles                                 */
  38 } t_cosines;
  39
  40 typedef struct {
  41   int     ngtc;         /* # T-Coupl groups                             */
  42   int     ngacc;        /* # Accelerate groups                          */
  43   int     ngfrz;        /* # Freeze groups                              */
  44   int     ngener;       /* # Ener groups                                */
  45   real    *nrdf;        /* Nr of degrees of freedom in a group          */
  46   real    *ref_t;       /* Coupling temperature per group               */
  47   real    *tau_t;       /* Tau coupling time                            */
  48   rvec    *acc;         /* Acceleration per group                       */
  49   ivec    *nFreeze;     /* Freeze the group in each direction ?         */
  50   bool    *eg_excl;     /* Exclusions of energy group pairs             */
  51 } t_grpopts;
  52
  53 typedef struct {
  54   int  eI;              /* Integration method                           */
  55   int  nsteps;          /* number of steps to be taken                  */
  56   int  ns_type;         /* which ns method should we use?               */
  57   int  nstlist;         /* number of steps before pairlist is generated */
  58   int  ndelta;          /* number of cells per rlong                    */
  59   bool bDomDecomp;      /* Should we do domain decomposition?           */
  60   int  decomp_dir;      /* Direction of decomposition (may not be opt.) */
  61   int  nstcomm;         /* number of steps after which center of mass   */
  62                         /* motion is removed                            */
  63   int nstlog;           /* number of steps after which print to logfile */
  64   int nstxout;          /* number of steps after which X is output      */
  65   int nstvout;          /* id. for V                                    */
  66   int nstfout;          /* id. for F                                    */
  67   int nstenergy;        /* number of steps after which energies printed */
  68   int nstxtcout;        /* id. for compressed trj (.xtc)                */
  69   real init_t;          /* initial time (ps)                            */
  70   real delta_t;         /* time step (ps)                               */
  71   real xtcprec;         /* precision of xtc file                        */
  72   int  nkx,nky,nkz;     /* number of k vectors in each spatial dimension*/
  73                         /* for fourier methods for long range electrost.*/
  74   int  pme_order;       /* interpolation order for PME                  */
  75   real ewald_rtol;      /* Real space tolerance for Ewald, determines   */
  76                         /* the real/reciprocal space relative weight    */
  77   bool epsilon_surface; /* Epsilon for PME dipole correction            */
  78   bool bOptFFT;         /* optimize the fft plan at start               */
  79   int  ePBC;            /* Type of periodic boundary conditions         */
  80   bool bUncStart;       /* Do not constrain the start configuration     */
  81   int  etc;             /* temperature coupling                         */
  82   int  epc;             /* pressure coupling                            */
  83   int  epct;            /* pressure coupling type                       */
  84   real tau_p;           /* pressure coupling time (ps)                  */
  85   tensor ref_p;         /* reference pressure (kJ/(mol nm^3))           */
  86   tensor compress;      /* compressability ((mol nm^3)/kJ)              */
  87   bool bSimAnn;         /* simulated annealing (SA)                     */
  88   real zero_temp_time;  /* time at which temp becomes zero in sim. ann. */
  89   real rlist;           /* short range pairlist cut-off (nm)            */
  90   int  coulombtype;     /* Type of electrostatics treatment             */
  91   real rcoulomb_switch; /* Coulomb switch range start (nm)              */
  92   real rcoulomb;        /* Coulomb cutoff (nm)                          */
  93   int  vdwtype;         /* Type of Van der Waals treatment              */
  94   real rvdw_switch;     /* Van der Waals switch range start (nm)        */
  95   real rvdw;            /* Van der Waals cutoff (nm)                    */
  96   real epsilon_r;       /* relative dielectric constant                 */
  97   int  eDispCorr;       /* Perform Long range dispersion corrections    */
  98   real shake_tol;       /* tolerance for shake                          */
  99   real fudgeQQ;         /* Id. for 1-4 coulomb interactions             */
 100   int  efep;            /* free energy interpolation no/yes             */
 101   real init_lambda;     /* initial value for perturbation variable      */
 102   real delta_lambda;    /* change of lambda per time step (1/dt)        */
 103   real sc_alpha;        /* free energy soft-core parameter              */
 104   real sc_sigma;        /* free energy soft-core sigma when c6 or c12=0 */
 105   real dr_fc;           /* force constant for ta_disre                  */
 106   int  eDisreWeighting; /* type of weighting of pairs in one restraints */
 107   bool bDisreMixed;     /* Use comb of time averaged and instan. viol's */
 108   int  nstdisreout;     /* frequency of writing pair distances to enx   */
 109   real dr_tau;          /* time constant for memory function in disres  */
 110   real em_stepsize;     /* The stepsize for updating                    */
 111   real em_tol;          /* The tolerance                                */
 112   int  niter;           /* Number of iterations for convergence of      */
 113                         /* steepest descent in relax_shells             */
 114   int  nstcgsteep;      /* number of steps after which a steepest       */
 115                         /* descents step is done while doing cg         */
 116   int  eConstrAlg;      /* Type of constraint algorithm                 */
 117   int  nProjOrder;      /* Order of the LINCS Projection Algorithm      */
 118   real LincsWarnAngle;  /* If bond rotates more than %g degrees, warn   */
 119   real bd_temp;         /* Temperature for Brownian Dynamics (BD)       */
 120   real bd_fric;         /* Friction coefficient for BD (amu / ps)       */
 121   int  ld_seed;         /* Random seed for SD and BD                    */
 122   real cos_accel;       /* Acceleration for viscosity calculation       */
 123   int  userint1;        /* User determined parameters                   */
 124   int  userint2;
 125   int  userint3;
 126   int  userint4;
 127   real userreal1;
 128   real userreal2;
 129   real userreal3;
 130   real userreal4;
 131   t_grpopts opts;       /* Group options                                */
 132   t_cosines ex[DIM];    /* Electric field stuff (spatial part)          */
 133   t_cosines et[DIM];    /* Electric field stuff (time part)             */
 134 } t_inputrec;
 135