include/types/group.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39
  40 #include "simple.h"
  41
  42 #ifdef __cplusplus
  43 extern "C" {
  44 #endif
  45
  46
  47 typedef struct {
  48   real    Th;           /* Temperature at half step        */
  49   real    T;            /* Temperature at full step        */
  50   tensor  ekinh;        /* Kinetic energy at half step     */
  51   tensor  ekinh_old;    /* Kinetic energy at old half step */
  52   tensor  ekinf;        /* Kinetic energy at full step     */
  53   real    lambda;       /* Berendsen coupling lambda       */
  54   double  ekinscalef_nhc;/* Scaling factor for NHC- full step */
  55   double  ekinscaleh_nhc;/* Scaling factor for NHC- half step */
  56   double  vscale_nhc;   /* Scaling factor for NHC- velocity */
  57 } t_grp_tcstat;
  58
  59 typedef struct {
  60   int     nat;          /* Number of atoms in this group                */
  61   rvec    u;            /* Mean velocities of home particles            */
  62   rvec    uold;         /* Previous mean velocities of home particles   */
  63   double  mA;           /* Mass for topology A                          */
  64   double  mB;           /* Mass for topology B                          */
  65 } t_grp_acc;
  66
  67 typedef struct {
  68   real    cos_accel;    /* The acceleration for the cosine profile      */
  69   real    mvcos;        /* The cos momenta of home particles            */
  70   real    vcos;         /* The velocity of the cosine profile           */
  71 } t_cos_acc;
  72
  73 typedef struct {
  74   gmx_bool         bNEMD;
  75   int          ngtc;            /* The number of T-coupling groups      */
  76   t_grp_tcstat *tcstat;         /* T-coupling data                      */
  77   tensor       **ekin_work_alloc; /* Allocated locations of ekin_work   */
  78   tensor       **ekin_work;     /* Work arrays for tcstat per thread    */
  79   int          ngacc;           /* The number of acceleration groups    */
  80   t_grp_acc    *grpstat;        /* Acceleration data                    */
  81   tensor       ekin;            /* overall kinetic energy               */
  82   tensor       ekinh;           /* overall 1/2 step kinetic energy      */
  83   real         dekindl;         /* dEkin/dlambda at half step           */
  84   real         dekindl_old;     /* dEkin/dlambda at old half step       */
  85   t_cos_acc    cosacc;          /* Cosine acceleration data             */
  86 } gmx_ekindata_t;
  87
  88 #define GID(igid,jgid,gnr) ((igid < jgid) ? (igid*gnr+jgid) : (jgid*gnr+igid))
  89
  90 #ifdef __cplusplus
  91 }
  92 #endif
  93