include/types/graph.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 #ifndef _types_graph_h
  40 #define _types_graph_h
  41
  42 #include "idef.h"
  43
  44 #ifdef __cplusplus
  45 extern "C" {
  46 #endif
  47
  48
  49 typedef enum { egcolWhite, egcolGrey, egcolBlack, egcolNR } egCol;
  50
  51 typedef struct {
  52   int      nnodes;      /* The number of nodes, nnodes=at_end-at_start  */
  53   int      nbound;      /* The number of nodes with edges               */
  54   int      natoms;      /* Total range for this graph: 0 to natoms      */
  55   int      at_start;    /* The first connected atom in this graph       */
  56   int      at_end;      /* The last+1 connected atom in this graph      */
  57   int      *nedge;      /* For each node the number of edges            */
  58   atom_id  **edge;      /* For each node, the actual edges (bidirect.)  */
  59   gmx_bool     bScrewPBC;   /* Screw boundary conditions                    */
  60   ivec     *ishift;     /* Shift for each particle                      */
  61   int      negc;
  62   egCol   *egc;         /* color of each node */
  63 } t_graph;
  64
  65
  66 #define SHIFT_IVEC(g,i) ((g)->ishift[i])
  67
  68 #ifdef __cplusplus
  69 }
  70 #endif
  71
  72 #endif /* _types_graph_h */