include/types/graph.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * GRoups of Organic Molecules in ACtion for Science
  34  */
  35
  36 #include "idef.h"
  37
  38 #ifdef __cplusplus
  39 extern "C" {
  40 #endif
  41
  42
  43 typedef enum { egcolWhite, egcolGrey, egcolBlack, egcolNR } egCol;
  44
  45 typedef struct {
  46   int      nnodes;      /* The number of nodes, nnodes=at_end-at_start  */
  47   int      nbound;      /* The number of nodes with edges               */
  48   int      natoms;      /* Total range for this graph: 0 to natoms      */
  49   int      at_start;    /* The first connected atom in this graph       */
  50   int      at_end;      /* The last+1 connected atom in this graph      */
  51   int      *nedge;      /* For each node the number of edges            */
  52   atom_id  **edge;      /* For each node, the actual edges (bidirect.)  */
  53   gmx_bool     bScrewPBC;   /* Screw boundary conditions                    */
  54   ivec     *ishift;     /* Shift for each particle                      */
  55   int      negc;
  56   egCol   *egc;         /* color of each node */
  57 } t_graph;
  58
  59
  60 #define SHIFT_IVEC(g,i) ((g)->ishift[i])
  61
  62 #ifdef __cplusplus
  63 }
  64 #endif
  65