include/types/genborn.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39
  40 #ifdef __cplusplus
  41 extern "C" {
  42 #endif
  43
  44 #include "simple.h"
  45
  46 typedef struct
  47 {
  48         int nbonds;
  49         int bond[10];
  50         real length[10];
  51 } genborn_bonds_t;
  52
  53 typedef struct gbtmpnbls *gbtmpnbls_t;
  54
  55 /* Struct to hold all the information for GB */
  56 typedef struct
  57 {
  58         int nr;                   /* number of atoms, length of arrays below */
  59         int n12;                  /* number of 1-2 (bond) interactions       */
  60         int n13;                  /* number of 1-3 (angle) terms             */
  61         int n14;                  /* number of 1-4 (torsion) terms           */
  62         int nalloc;               /* Allocation of local arrays (with DD)    */
  63
  64
  65         /* Arrays below that end with _globalindex are used for setting up initial values of
  66          * all gb parameters and values. They all have length natoms, which for DD is the
  67          * global atom number.
  68          * Values are then taken from these arrays to local copies, that have names without
  69          * _globalindex, in the routine make_local_gb(), which is called once for single
  70          * node runs, and for DD at every call to dd_partition_system
  71          */
  72
  73         real  *gpol;              /* Atomic polarisation energies */
  74         real  *gpol_globalindex;  /*  */
  75         real  *gpol_still_work;   /* Work array for Still model */
  76         real  *gpol_hct_work;     /* Work array for HCT/OBC models */
  77         real  *bRad;              /* Atomic Born radii */
  78         real  *vsolv;             /* Atomic solvation volumes */
  79         real  *vsolv_globalindex; /*  */
  80         real  *gb_radius;          /* Radius info, copied from atomtypes */
  81         real  *gb_radius_globalindex;
  82
  83         int  *use;                 /* Array that till if this atom does GB */
  84         int  *use_globalindex;     /* Global array for parallelization */
  85
  86         real es;                  /* Solvation energy and derivatives */
  87         real *asurf;              /* Atomic surface area */
  88         rvec *dasurf;             /* Surface area derivatives */
  89         real as;                  /* Total surface area */
  90
  91         real *drobc;              /* Parameters for OBC chain rule calculation */
  92         real *param;              /* Precomputed factor rai*atype->S_hct for HCT/OBC */
  93         real *param_globalindex;  /*  */
  94
  95         real *log_table;          /* Table for logarithm lookup */
  96
  97         real obc_alpha;           /* OBC parameters */
  98         real obc_beta;            /* OBC parameters */
  99         real obc_gamma;           /* OBC parameters */
 100         real gb_doffset;          /* Dielectric offset for Still/HCT/OBC */
 101         real gb_epsilon_solvent;  /*   */
 102         real epsilon_r;           /* Used for inner dielectric */
 103
 104   real sa_surface_tension;  /* Surface tension for non-polar solvation */
 105
 106         real *work;               /* Used for parallel summation and in the chain rule, length natoms         */
 107         real *buf;                /* Used for parallel summation and in the chain rule, length natoms         */
 108         int  *count;              /* Used for setting up the special gb nblist, length natoms                 */
 109         gbtmpnbls_t nblist_work;  /* Used for setting up the special gb nblist, dim natoms*nblist_work_nalloc */
 110         int  nblist_work_nalloc;  /* Length of second dimension of nblist_work                                */
 111 }
 112 gmx_genborn_t;
 113
 114 #ifdef __cplusplus
 115 }
 116 #endif
 117