include/types/edsams.h

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *       This source code is part of
   5  *
   6  *        G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  * GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *               VERSION 2.0
  11  *
  12  * Copyright (c) 1991-1999
  13  * BIOSON Research Institute, Dept. of Biophysical Chemistry
  14  * University of Groningen, The Netherlands
  15  *
  16  * Please refer to:
  17  * GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementation
  18  * H.J.C. Berendsen, D. van der Spoel and R. van Drunen
  19  * Comp. Phys. Comm. 91, 43-56 (1995)
  20  *
  21  * Also check out our WWW page:
  22  * http://md.chem.rug.nl/~gmx
  23  * or e-mail to:
  24  * gromacs@chem.rug.nl
  25  *
  26  * And Hey:
  27  * Green Red Orange Magenta Azure Cyan Skyblue
  28  */
  29
  30 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  31 #include <config.h>
  32 #endif
  33
  34 typedef struct {
  35   bool          bEdsam;         /* Do ED sampling?                      */
  36   char          *edinam;        /* name of ED sampling input file       */
  37   char          *edonam;        /*                     output           */
  38 } t_edsamyn;
  39
  40 typedef struct {
  41   int           neig;           /* nr of eigenvectors                   */
  42   int           *ieig;          /* index nrs of eigenvectors            */
  43   real          *stpsz;         /* stepsizes (per eigenvector)          */
  44   rvec          **vec;          /* eigenvector components               */
  45   real          *xproj;         /* instantaneous x projections          */
  46   real          *vproj;         /* instantaneous v projections          */
  47   real          *fproj;         /* instantaneous f projections          */
  48   real          *refproj;       /* starting or target projecions        */
  49   real          radius;         /* instantaneous radius                 */
  50 } t_eigvec;
  51
  52 typedef struct {
  53   t_eigvec      mon;            /* only monitored, no constraints       */
  54   t_eigvec      linfix;         /* fixed linear constraints             */
  55   t_eigvec      linacc;         /* acceptance linear constraints        */
  56   t_eigvec      radfix;         /* fixed radial constraints (exp)       */
  57   t_eigvec      radacc;         /* acceptance radial constraints (exp)  */
  58   t_eigvec      radcon;         /* acceptance rad. contraction constr.  */
  59 } t_edvecs;
  60
  61 typedef struct {
  62   int           nr;             /* Nr. of atoms                         */
  63   int           *anrs;          /* Index numbers                        */
  64   rvec          *x;             /* Positions                            */
  65   matrix        box;            /* Box lenghts                          */
  66 } t_edx;
  67
  68
  69 typedef struct {
  70   int           nini;           /* Total Nr of atoms                    */
  71   int           npro;           /* Nr of protein atoms                  */
  72   int           ned;            /* Nr of atoms in essdyn                */
  73   bool          selmas;         /* true if trans fit with cm            */
  74   int           outfrq;         /* freq (in steps) of writing output    */
  75   int           logfrq;         /* freq (in steps) of writing to log    */
  76   int           maxedsteps;     /* max nr of steps per cycle            */
  77   t_edx         sref;           /* reference positions                  */
  78   t_edx         sav;            /* average positions                    */
  79   t_edvecs      vecs;           /* eigenvectors                         */
  80   real          slope;          /* minimal slope in acceptance radexp   */
  81   t_edx         star;           /* target positions                     */
  82   t_edx         sori;           /* origin positions                     */
  83   int           nmass;          /* Nr of masses                         */
  84   int           *masnrs;        /* index nrs for atoms with masses      */
  85   real          *mass;          /* atomic masses                        */
  86   real          tmass;          /* total mass                           */
  87   int           nfit;           /* Number of atoms to use for rot fit   */
  88   int           *fitnrs;        /* index nrs of atoms to use for rot fit*/
  89   FILE          *edo;           /* output file                          */
  90 } t_edpar;
  91