include/types/edsams.h

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.0
  11  *
  12  * Copyright (c) 1991-2001
  13  * BIOSON Research Institute, Dept. of Biophysical Chemistry
  14  * University of Groningen, The Netherlands
  15  *
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * Do check out http://www.gromacs.org , or mail us at gromacs@gromacs.org .
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * Good ROcking Metal Altar for Chronical Sinners
  35  */
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 typedef struct {
  41   bool          bEdsam;         /* Do ED sampling?                      */
  42   char          *edinam;        /* name of ED sampling input file       */
  43   char          *edonam;        /*                     output           */
  44 } t_edsamyn;
  45
  46 typedef struct {
  47   int           neig;           /* nr of eigenvectors                   */
  48   int           *ieig;          /* index nrs of eigenvectors            */
  49   real          *stpsz;         /* stepsizes (per eigenvector)          */
  50   rvec          **vec;          /* eigenvector components               */
  51   real          *xproj;         /* instantaneous x projections          */
  52   real          *vproj;         /* instantaneous v projections          */
  53   real          *fproj;         /* instantaneous f projections          */
  54   real          *refproj;       /* starting or target projecions        */
  55   real          radius;         /* instantaneous radius                 */
  56 } t_eigvec;
  57
  58 typedef struct {
  59   t_eigvec      mon;            /* only monitored, no constraints       */
  60   t_eigvec      linfix;         /* fixed linear constraints             */
  61   t_eigvec      linacc;         /* acceptance linear constraints        */
  62   t_eigvec      radfix;         /* fixed radial constraints (exp)       */
  63   t_eigvec      radacc;         /* acceptance radial constraints (exp)  */
  64   t_eigvec      radcon;         /* acceptance rad. contraction constr.  */
  65 } t_edvecs;
  66
  67 typedef struct {
  68   int           nr;             /* Nr. of atoms                         */
  69   int           *anrs;          /* Index numbers                        */
  70   rvec          *x;             /* Positions                            */
  71   matrix        box;            /* Box lenghts                          */
  72 } t_edx;
  73
  74
  75 typedef struct {
  76   int           nini;           /* Total Nr of atoms                    */
  77   int           npro;           /* Nr of protein atoms                  */
  78   int           ned;            /* Nr of atoms in essdyn                */
  79   bool          selmas;         /* true if trans fit with cm            */
  80   int           outfrq;         /* freq (in steps) of writing output    */
  81   int           logfrq;         /* freq (in steps) of writing to log    */
  82   int           maxedsteps;     /* max nr of steps per cycle            */
  83   t_edx         sref;           /* reference positions                  */
  84   t_edx         sav;            /* average positions                    */
  85   t_edvecs      vecs;           /* eigenvectors                         */
  86   real          slope;          /* minimal slope in acceptance radexp   */
  87   t_edx         star;           /* target positions                     */
  88   t_edx         sori;           /* origin positions                     */
  89   int           nmass;          /* Nr of masses                         */
  90   int           *masnrs;        /* index nrs for atoms with masses      */
  91   real          *mass;          /* atomic masses                        */
  92   real          tmass;          /* total mass                           */
  93   int           nfit;           /* Number of atoms to use for rot fit   */
  94   int           *fitnrs;        /* index nrs of atoms to use for rot fit*/
  95   FILE          *edo;           /* output file                          */
  96 } t_edpar;
  97