include/types/atoms.h

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *       This source code is part of
   5  *
   6  *        G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  * GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *               VERSION 2.0
  11  *
  12  * Copyright (c) 1991-1999
  13  * BIOSON Research Institute, Dept. of Biophysical Chemistry
  14  * University of Groningen, The Netherlands
  15  *
  16  * Please refer to:
  17  * GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementation
  18  * H.J.C. Berendsen, D. van der Spoel and R. van Drunen
  19  * Comp. Phys. Comm. 91, 43-56 (1995)
  20  *
  21  * Also check out our WWW page:
  22  * http://md.chem.rug.nl/~gmx
  23  * or e-mail to:
  24  * gromacs@chem.rug.nl
  25  *
  26  * And Hey:
  27  * Green Red Orange Magenta Azure Cyan Skyblue
  28  */
  29
  30 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  31 #include <config.h>
  32 #endif
  33
  34 enum {
  35   eptAtom, eptNucleus, eptShell, eptBond, eptDummy, eptNR
  36 };
  37 /* The particle type */
  38
  39 enum {
  40   egcTC,    egcENER,   egcACC,   egcFREEZE,
  41   egcUser1, egcUser2,  egcVCM, egcXTC,
  42   egcNR
  43 };
  44
  45 typedef struct {
  46   real          m,q;            /* Mass and charge                      */
  47   real          mB,qB;          /* Mass and charge for Free Energy calc */
  48   unsigned short        type;           /* Atom type                            */
  49   unsigned short        typeB;          /* Atom type for Free Energy calc       */
  50   int           ptype;          /* Particle type                        */
  51   int           resnr;          /* Residue number                       */
  52   unsigned char grpnr[egcNR];   /* Group numbers                        */
  53   unsigned char chain;          /* chain identifier                     */
  54 } t_atom;
  55
  56 typedef struct {
  57   int  type;                    /* PDB record name                      */
  58   int  atomnr;                  /* PDB atom number                      */
  59   char altloc;                  /* Alternate location indicator         */
  60   char pdbresnr[6];             /* PDB res number                       */
  61   real occup;                   /* Occupancy                            */
  62   real bfac;                    /* B-factor                             */
  63   bool bAnisotropic;            /* (an)isotropic switch                 */
  64   int  uij[6];                  /* Anisotropic B-factor                 */
  65 } t_pdbinfo;
  66
  67 typedef struct {
  68   int  nr;                      /* Number of different groups           */
  69   int  *nm_ind;                 /* Index in the group names             */
  70 } t_grps;
  71
  72 typedef struct {
  73   int           nr;             /* Nr of atoms                          */
  74   t_atom        *atom;          /* Array of atoms (dim: nr)             */
  75                                 /* The following entries will not       */
  76                                 /* allways be used (nres==0)            */
  77   char          ***atomname;    /* Array of pointers to atom name       */
  78                                 /* use: (*(atomname[i]))                */
  79   int           nres;           /* Nr of residue names                  */
  80   char          ***resname;     /* Array of pointers to residue names   */
  81                                 /* use: (*(resname[i]))                 */
  82   int           ngrpname;       /* Number of groupnames                 */
  83   char          ***grpname;     /* Names of the groups                  */
  84   t_block       excl;           /* Exclusions                           */
  85   t_grps        grps[egcNR];    /* Groups of things                     */
  86   t_pdbinfo     *pdbinfo;       /* PDB Information, such as aniso. Bfac */
  87 } t_atoms;
  88
  89 #define PERTURBED(a) (((a).mB != (a).m) || ((a).qB != (a).q) || ((a).typeB != (a).type))