include/types/atoms.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * GRoups of Organic Molecules in ACtion for Science
  34  */
  35 #ifndef _atoms_h
  36 #define _atoms_h
  37
  38
  39 #include "simple.h"
  40
  41 #ifdef __cplusplus
  42 extern "C" {
  43 #endif
  44
  45 enum {
  46   eptAtom, eptNucleus, eptShell, eptBond, eptVSite, eptNR
  47 };
  48 /* The particle type */
  49
  50 typedef struct {
  51   real          m,q;            /* Mass and charge                      */
  52   real          mB,qB;          /* Mass and charge for Free Energy calc */
  53   unsigned short type;          /* Atom type                            */
  54   unsigned short typeB;         /* Atom type for Free Energy calc       */
  55   int           ptype;          /* Particle type                        */
  56   int           resind;         /* Index into resinfo (in t_atoms)      */
  57   int           atomnumber;     /* Atomic Number or NOTSET              */
  58   char          elem[4];        /* Element name                         */
  59 } t_atom;
  60
  61 typedef struct {
  62   char          **name;         /* Pointer to the residue name          */
  63   int           nr;             /* Residue number                       */
  64   unsigned char ic;             /* Code for insertion of residues       */
  65   int           chainnum;       /* Iincremented at TER or new chain id  */
  66   char          chainid;        /* Chain identifier written/read to pdb */
  67   char          **rtp;          /* rtp building block name (optional)   */
  68 } t_resinfo;
  69
  70 typedef struct {
  71   int  type;                    /* PDB record name                      */
  72   int  atomnr;                  /* PDB atom number                      */
  73   char altloc;                  /* Alternate location indicator         */
  74   char atomnm[6];               /* True atom name including leading spaces */
  75   real occup;                   /* Occupancy                            */
  76   real bfac;                    /* B-factor                             */
  77   gmx_bool bAnisotropic;        /* (an)isotropic switch                 */
  78   int  uij[6];                  /* Anisotropic B-factor                 */
  79 } t_pdbinfo;
  80
  81 typedef struct {
  82   int  nr;                      /* Number of different groups           */
  83   int  *nm_ind;                 /* Index in the group names             */
  84 } t_grps;
  85
  86 typedef struct {
  87   int           nr;             /* Nr of atoms                          */
  88   t_atom        *atom;          /* Array of atoms (dim: nr)             */
  89                                 /* The following entries will not       */
  90                                 /* always be used (nres==0)             */
  91   char          ***atomname;    /* Array of pointers to atom name       */
  92                                 /* use: (*(atomname[i]))                */
  93   char          ***atomtype;    /* Array of pointers to atom types      */
  94                                 /* use: (*(atomtype[i]))                */
  95   char          ***atomtypeB;   /* Array of pointers to B atom types    */
  96                                 /* use: (*(atomtypeB[i]))               */
  97   int           nres;           /* The number of resinfo entries        */
  98   t_resinfo     *resinfo;       /* Array of residue names and numbers   */
  99   t_pdbinfo     *pdbinfo;       /* PDB Information, such as aniso. Bfac */
 100 } t_atoms;
 101
 102 typedef struct {
 103   int           nr;             /* number of atomtypes                          */
 104   real         *radius;         /* GBSA radius for each atomtype                */
 105   real         *vol;            /* GBSA efective volume for each atomtype       */
 106   real         *surftens;       /* implicit solvent surftens for each atomtype  */
 107   real         *gb_radius;      /* GB radius for each atom type                 */
 108   real         *S_hct;          /* Overlap factors for HCT/OBC GB models        */
 109   int          *atomnumber;     /* Atomic number, used for QM/MM                */
 110 } t_atomtypes;
 111
 112
 113 #define PERTURBED(a) (((a).mB != (a).m) || ((a).qB != (a).q) || ((a).typeB != (a).type))
 114
 115 #ifdef __cplusplus
 116 }
 117 #endif
 118
 119 #endif