include/types/atoms.h

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.0
  11  *
  12  * Copyright (c) 1991-2001
  13  * BIOSON Research Institute, Dept. of Biophysical Chemistry
  14  * University of Groningen, The Netherlands
  15  *
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * Do check out http://www.gromacs.org , or mail us at gromacs@gromacs.org .
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * Good ROcking Metal Altar for Chronical Sinners
  35  */
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 enum {
  41   eptAtom, eptNucleus, eptShell, eptBond, eptDummy, eptNR
  42 };
  43 /* The particle type */
  44
  45 enum {
  46   egcTC,    egcENER,   egcACC,   egcFREEZE,
  47   egcUser1, egcUser2,  egcVCM, egcXTC,
  48   egcNR
  49 };
  50
  51 typedef struct {
  52   real          m,q;            /* Mass and charge                      */
  53   real          mB,qB;          /* Mass and charge for Free Energy calc */
  54   unsigned short        type;           /* Atom type                            */
  55   unsigned short        typeB;          /* Atom type for Free Energy calc       */
  56   int           ptype;          /* Particle type                        */
  57   int           resnr;          /* Residue number                       */
  58   unsigned char grpnr[egcNR];   /* Group numbers                        */
  59   unsigned char chain;          /* chain identifier                     */
  60 } t_atom;
  61
  62 typedef struct {
  63   int  type;                    /* PDB record name                      */
  64   int  atomnr;                  /* PDB atom number                      */
  65   char altloc;                  /* Alternate location indicator         */
  66   char pdbresnr[6];             /* PDB res number                       */
  67   real occup;                   /* Occupancy                            */
  68   real bfac;                    /* B-factor                             */
  69   bool bAnisotropic;            /* (an)isotropic switch                 */
  70   int  uij[6];                  /* Anisotropic B-factor                 */
  71 } t_pdbinfo;
  72
  73 typedef struct {
  74   int  nr;                      /* Number of different groups           */
  75   int  *nm_ind;                 /* Index in the group names             */
  76 } t_grps;
  77
  78 typedef struct {
  79   int           nr;             /* Nr of atoms                          */
  80   t_atom        *atom;          /* Array of atoms (dim: nr)             */
  81                                 /* The following entries will not       */
  82                                 /* allways be used (nres==0)            */
  83   char          ***atomname;    /* Array of pointers to atom name       */
  84                                 /* use: (*(atomname[i]))                */
  85   int           nres;           /* Nr of residue names                  */
  86   char          ***resname;     /* Array of pointers to residue names   */
  87                                 /* use: (*(resname[i]))                 */
  88   int           ngrpname;       /* Number of groupnames                 */
  89   char          ***grpname;     /* Names of the groups                  */
  90   t_block       excl;           /* Exclusions                           */
  91   t_grps        grps[egcNR];    /* Groups of things                     */
  92   t_pdbinfo     *pdbinfo;       /* PDB Information, such as aniso. Bfac */
  93 } t_atoms;
  94
  95 #define PERTURBED(a) (((a).mB != (a).m) || ((a).qB != (a).q) || ((a).typeB != (a).type))