include/typedefs.h

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.0
  11  *
  12  * Copyright (c) 1991-2001
  13  * BIOSON Research Institute, Dept. of Biophysical Chemistry
  14  * University of Groningen, The Netherlands
  15  *
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * Do check out http://www.gromacs.org , or mail us at gromacs@gromacs.org .
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * Good ROcking Metal Altar for Chronical Sinners
  35  */
  36
  37 #ifndef _typedefs_h
  38 #define _typedefs_h
  39
  40 static char *SRCID_typedefs_h = "$Id$";
  41 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  42 #include <config.h>
  43 #endif
  44
  45 #ifdef CPLUSPLUS
  46 extern "C" {
  47 #endif
  48
  49 #define STRLEN 4096
  50 #define NOTSET -12345
  51
  52 #include <sys/types.h>
  53 #include <sysstuff.h>
  54 #include <types/simple.h>
  55 #include <types/enums.h>
  56 #include <types/block.h>
  57 #include <types/symtab.h>
  58 #include <types/idef.h>
  59 #include <types/atoms.h>
  60 #include <types/trx.h>
  61 #include <types/topology.h>
  62 #include <types/energy.h>
  63 #include <types/inputrec.h>
  64 #include <types/nsborder.h>
  65 #include <types/ishift.h>
  66 #include <types/graph.h>
  67 #include <types/nrnb.h>
  68 #include <types/nblist.h>
  69 #include <types/nsgrid.h>
  70 #include <types/commrec.h>
  71 #include <types/forcerec.h>
  72 #include <types/mdatom.h>
  73 #include <types/ifunc.h>
  74 #include <types/filenm.h>
  75 #include <types/group.h>
  76 #include <types/drblock.h>
  77 #include <types/parm.h>
  78 #include <types/matrix.h>
  79 #include <types/edsams.h>
  80 #include <types/pulls.h>
  81
  82 /* Functions to initiate and delete structures *
  83  * These functions are defined in gmxlib/typedefs.c
  84  */
  85 extern void init_block(t_block *block);
  86 extern void init_atom (t_atoms *at);
  87 extern void init_top (t_topology *top);
  88 extern void init_inputrec(t_inputrec *ir);
  89 extern void done_block(t_block *block);
  90 extern void done_atom (t_atoms *at);
  91 extern void done_top(t_topology *top);
  92 extern void done_inputrec(t_inputrec *ir);
  93
  94 extern void stupid_fill(t_block *grp, int natom,bool bOneIndexGroup);
  95 /* Fill a block structure with numbers identical to the index
  96  * (0, 1, 2, .. natom-1)
  97  * If bOneIndexGroup, then all atoms are  lumped in one index group,
  98  * otherwise there is one atom per index entry
  99  */
 100
 101 extern void init_t_atoms(t_atoms *atoms, int natoms, bool bPdbinfo);
 102 /* allocate memory for the arrays, set nr to natoms and nres to 0
 103  * set pdbinfo to NULL or allocate memory for it */
 104
 105 extern void free_t_atoms(t_atoms *atoms);
 106 /* free all the arrays and set the nr and nres to 0 */
 107
 108 #ifdef CPLUSPLUS
 109 }
 110 #endif
 111
 112
 113 #endif  /* _typedefs_h */