include/trnio.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 #ifndef _trnio_h
  40 #define _trnio_h
  41
  42 /**************************************************************
  43  *
  44  * These routines handle trj (trajectory) I/O, they read and
  45  * write trj/trr files. The routines should be able to read single
  46  * and double precision files without the user noting it.
  47  * The files are backward compatible, therefore the header holds
  48  * some unused variables.
  49  *
  50  * The routines in the corresponding c-file trnio.c
  51  * are based on the lower level routines in gmxfio.c
  52  * The integer file pointer returned from open_trn
  53  * can also be used with the routines in gmxfio.h
  54  *
  55  **************************************************************/
  56 #include "visibility.h"
  57 #include "typedefs.h"
  58 #include "gmxfio.h"
  59
  60 #ifdef __cplusplus
  61 extern "C" {
  62 #endif
  63
  64 typedef struct          /* This struct describes the order and the      */
  65   /* sizes of the structs in a trjfile, sizes are given in bytes.       */
  66 {
  67   gmx_bool  bDouble;        /* Double precision?                            */
  68   int   ir_size;        /* Backward compatibility                       */
  69   int   e_size;         /* Backward compatibility                       */
  70   int   box_size;       /* Non zero if a box is present                 */
  71   int   vir_size;       /* Backward compatibility                       */
  72   int   pres_size;      /* Backward compatibility                       */
  73   int   top_size;       /* Backward compatibility                       */
  74   int   sym_size;       /* Backward compatibility                       */
  75   int   x_size;         /* Non zero if coordinates are present          */
  76   int   v_size;         /* Non zero if velocities are present           */
  77   int   f_size;         /* Non zero if forces are present               */
  78
  79   int   natoms;         /* The total number of atoms                    */
  80   int   step;           /* Current step number                          */
  81   int   nre;            /* Backward compatibility                       */
  82   real  t;              /* Current time                                 */
  83   real  lambda;         /* Current value of lambda                      */
  84   int   fep_state;  /* Current value of alchemical state */
  85 } t_trnheader;
  86
  87 GMX_LIBGMX_EXPORT
  88 t_fileio *open_trn(const char *fn,const char *mode);
  89 /* Open a trj / trr file */
  90
  91 GMX_LIBGMX_EXPORT
  92 void close_trn(t_fileio *fio);
  93 /* Close it */
  94
  95 GMX_LIBGMX_EXPORT
  96 gmx_bool fread_trnheader(t_fileio *fio,t_trnheader *trn,gmx_bool *bOK);
  97 /* Read the header of a trn file. Return FALSE if there is no frame.
  98  * bOK will be FALSE when the header is incomplete.
  99  */
 100
 101 GMX_LIBGMX_EXPORT
 102 void read_trnheader(const char *fn,t_trnheader *header);
 103 /* Read the header of a trn file from fn, and close the file afterwards.
 104  */
 105
 106 void pr_trnheader(FILE *fp,int indent,char *title,t_trnheader *sh);
 107 /* Print the header of a trn file to fp */
 108
 109 gmx_bool is_trn(FILE *fp);
 110 /* Return true when the file is a trn file. File will be rewound
 111  * afterwards.
 112  */
 113
 114 GMX_LIBGMX_EXPORT
 115 void fwrite_trn(t_fileio *fio,int step,real t,real lambda,
 116                        rvec *box,int natoms,rvec *x,rvec *v,rvec *f);
 117 /* Write a trn frame to file fp, box, x, v, f may be NULL */
 118
 119 GMX_LIBGMX_EXPORT
 120 gmx_bool fread_htrn(t_fileio *fio,t_trnheader *sh,
 121                        rvec *box,rvec *x,rvec *v,rvec *f);
 122 /* Extern read a frame except the header (that should be pre-read,
 123  * using routine read_trnheader, see above) from a trn file.
 124  * Return FALSE on error
 125  */
 126
 127 gmx_bool fread_trn(t_fileio *fio,int *step,real *t,real *lambda,
 128                       rvec *box,int *natoms,rvec *x,rvec *v,rvec *f);
 129 /* Read a trn frame, including the header from fp. box, x, v, f may
 130  * be NULL, in which case the data will be skipped over.
 131  * return FALSE on error
 132  */
 133
 134 GMX_LIBGMX_EXPORT
 135 void write_trn(const char *fn,int step,real t,real lambda,
 136                       rvec *box,int natoms,rvec *x,rvec *v,rvec *f);
 137 /* Write a single trn frame to file fn, which is closed afterwards */
 138
 139 GMX_LIBGMX_EXPORT
 140 void read_trn(const char *fn,int *step,real *t,real *lambda,
 141                      rvec *box,int *natoms,rvec *x,rvec *v,rvec *f);
 142 /* Read a single trn frame from file fn, which is closed afterwards
 143  */
 144
 145 #ifdef __cplusplus
 146 }
 147 #endif
 148
 149
 150 #endif