include/toputil.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 #ifndef _toputil_h
  40 #define _toputil_h
  41 #include "visibility.h"
  42 #include "grompp.h"
  43 #include "gpp_atomtype.h"
  44
  45 #ifdef __cplusplus
  46 extern "C" {
  47 #endif
  48
  49 /* UTILITIES */
  50
  51 int name2index(char *str, char ***typenames, int ntypes);
  52
  53 void pr_alloc (int extra, t_params *pr);
  54
  55 GMX_LIBGMXPREPROCESS_EXPORT
  56 void set_p_string(t_param *p, const char *s);
  57
  58 void cp_param(t_param *dest, t_param *src);
  59
  60 GMX_LIBGMXPREPROCESS_EXPORT
  61 void add_param_to_list(t_params *list, t_param *b);
  62
  63 /* INITIATE */
  64
  65 GMX_LIBGMXPREPROCESS_EXPORT
  66 void init_plist(t_params plist[]);
  67
  68 void init_molinfo(t_molinfo *mol);
  69
  70 GMX_LIBGMX_EXPORT
  71 void init_top  (t_topology *top);
  72
  73 void done_top(t_topology *top);
  74
  75 /* FREE */
  76 GMX_LIBGMXPREPROCESS_EXPORT
  77 void done_mi(t_molinfo *mi);
  78
  79 /* PRINTING */
  80
  81 void print_blocka(FILE *out, const char *szName, const char *szIndex,
  82                   const char *szA, t_blocka *block);
  83
  84 void print_atoms(FILE *out, gpp_atomtype_t atype, t_atoms *at, int *cgnr,
  85                  gmx_bool bRTPresname);
  86
  87 void print_bondeds(FILE *out, int natoms, directive d,
  88                    int ftype, int fsubtype, t_params plist[]);
  89
  90 void print_excl(FILE *out, int natoms, t_excls excls[]);
  91
  92 #ifdef __cplusplus
  93 }
  94 #endif
  95
  96 #endif  /* _toputil_h */