include/tgroup.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gromacs Runs On Most of All Computer Systems
  34  */
  35
  36 #ifndef _tgroup_h
  37 #define _tgroup_h
  38 #include "visibility.h"
  39 #include "typedefs.h"
  40 #include "network.h"
  41
  42 #ifdef __cplusplus
  43 extern "C" {
  44 #endif
  45
  46 GMX_LIBMD_EXPORT
  47 void init_ekindata(FILE *log,gmx_mtop_t *mtop,t_grpopts *opts,
  48                           gmx_ekindata_t *ekind);
  49 /* Allocate memory and set the grpnr array. */
  50
  51 void done_ekindata(gmx_ekindata_t *ekind);
  52 /* Free the memory */
  53
  54 void accumulate_u(t_commrec *cr,t_grpopts *opts,
  55                          gmx_ekindata_t *ekind);
  56
  57 /*extern void accumulate_ekin(t_commrec *cr,t_grpopts *opts,t_groups *grps);*/
  58 /* Communicate subsystem - group velocities and subsystem ekin respectively
  59  * and sum them up. Return them in grps.
  60  */
  61
  62 GMX_LIBMD_EXPORT
  63 real sum_ekin(t_grpopts *opts,gmx_ekindata_t *ekind, real *dekindlambda,
  64                      gmx_bool bEkinFullStep,gmx_bool bSaveEkinOld, gmx_bool bScaleEkin);
  65 /* Sum the group ekins into total ekin and calc temp per group,
  66  * return total temperature.
  67  */
  68
  69 void update_ekindata(int start,int homenr,gmx_ekindata_t *ekind,
  70                             t_grpopts *opts,rvec v[],t_mdatoms *md,real lambda);
  71 /* Do the update of group velocities (if bNEMD) and
  72  * (partial) group ekin.
  73  */
  74
  75 #ifdef __cplusplus
  76 }
  77 #endif
  78
  79 #endif  /* _tgroup_h */