include/tgroup.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 #ifndef _tgroup_h
  40 #define _tgroup_h
  41 #include "visibility.h"
  42 #include "typedefs.h"
  43 #include "network.h"
  44
  45 #ifdef __cplusplus
  46 extern "C" {
  47 #endif
  48
  49 GMX_LIBMD_EXPORT
  50 void init_ekindata(FILE *log, gmx_mtop_t *mtop, t_grpopts *opts,
  51                    gmx_ekindata_t *ekind);
  52 /* Allocate memory and set the grpnr array. */
  53
  54 void done_ekindata(gmx_ekindata_t *ekind);
  55 /* Free the memory */
  56
  57 void accumulate_u(t_commrec *cr, t_grpopts *opts,
  58                   gmx_ekindata_t *ekind);
  59
  60 /*extern void accumulate_ekin(t_commrec *cr,t_grpopts *opts,t_groups *grps);*/
  61 /* Communicate subsystem - group velocities and subsystem ekin respectively
  62  * and sum them up. Return them in grps.
  63  */
  64
  65 GMX_LIBMD_EXPORT
  66 real sum_ekin(t_grpopts *opts, gmx_ekindata_t *ekind, real *dekindlambda,
  67               gmx_bool bEkinFullStep, gmx_bool bSaveEkinOld, gmx_bool bScaleEkin);
  68 /* Sum the group ekins into total ekin and calc temp per group,
  69  * return total temperature.
  70  */
  71
  72 void update_ekindata(int start, int homenr, gmx_ekindata_t *ekind,
  73                      t_grpopts *opts, rvec v[], t_mdatoms *md, real lambda);
  74 /* Do the update of group velocities (if bNEMD) and
  75  * (partial) group ekin.
  76  */
  77
  78 #ifdef __cplusplus
  79 }
  80 #endif
  81
  82 #endif  /* _tgroup_h */