include/split.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 #ifndef _split_h
  40 #define _split_h
  41
  42 /*
  43  * Determine on which node a particle should reside and on which
  44  * node is also should be available. The distribution algorithm
  45  * should account for the actual ring architecture and how nodes
  46  * are numbered. The typedef t_splitd has two separate structures that
  47  * describe the distribution:
  48  *
  49  * The nodeinfo part describes which node containst which particles,
  50  * while the nodeids part describes on which node(s) a particle can be
  51  * found and what local particle number is assigned to it.
  52  *
  53  */
  54
  55 #include <stdio.h>
  56 #include "typedefs.h"
  57
  58 #ifdef __cplusplus
  59 extern "C" {
  60 #endif
  61
  62 typedef enum {SPLIT_NONE,SPLIT_SORTX,SPLIT_REDUCE,SPLIT_NR} t_splitalg;
  63
  64 typedef struct
  65 {
  66   int hid;
  67   atom_id *nodeid;
  68 } t_nodeids;
  69
  70 typedef struct
  71 {
  72   int nr;               /* Length of the long list.                         */
  73   int *lst;             /* The actual list.                                 */
  74 } t_nlist;
  75
  76 typedef struct
  77 {
  78   t_nlist home;         /* List of home particles.                          */
  79 } t_nodeinfo;
  80
  81 typedef struct
  82 {
  83   int nnodes;           /* Number of nodes this splitinfo is for.      */
  84   t_nodeinfo *nodeinfo; /* Home and available particles for each node. */
  85   int nnodeids;         /* Number of particles this splitinfo is for.       */
  86   t_nodeids *nodeids;   /* List of node id's for every particle,       */
  87                         /* entry[nodeid] gives the local atom id (NO_ATID if*/
  88                         /* not available). Entry[MAXNODES] contains home    */
  89                         /* node's id.                                  */
  90 } t_splitd;
  91
  92 void init_splitd(t_splitd *splitd,int nnodes,int nnodeids);
  93      /*
  94       * Initialises the splitd data structure for the specified number of
  95       * nodes (nnodes) and number of atoms (nnodeids).
  96       */
  97
  98 void make_splitd(t_splitalg algorithm,int nnodes,t_topology *top,
  99                         rvec *x,t_splitd *splitd,char *loadfile);
 100      /*
 101       * Initialises the splitd data structure for the specified number of
 102       * nodes (nnodes) and number of atoms (top) and fills it using
 103       * the specified algorithm (algorithm):
 104       *
 105       *    SPLIT_NONE   : Generate partial systems by dividing it into nnodes
 106       *                   consecutive, equal, parts without any intelligence.
 107       *    SPLIT_SORTX  : Like SPLIT_NONE but sort the coordinates before
 108       *                   dividing the system into nnodes consecutive, equal,
 109       *                   parts.
 110       *    SPLIT_REDUCE : Like SPLIT_NONE but minimise the bond lengths, i.e
 111       *                   invoke the reduce algorithm before dividing the
 112       *                   system into nnodes consecutive, equal, parts.
 113       *
 114       * The topology (top) and the coordinates (x) are not modified. The
 115       * calculations of bonded forces are assigned to the node with
 116       * the highest id that has one of the needed particles as home particle.
 117       */
 118
 119 long wr_split(FILE *fp,t_splitd *splitd);
 120      /*
 121       * Writes the split descriptor (splitd) to the file specified by fp.
 122       */
 123
 124 long rd_split(FILE *fp,t_splitd *splitd);
 125      /*
 126       * Reads the split descriptor (splitd) from the file specified by fp.
 127       */
 128
 129 void rm_splitd(t_splitd *splitd);
 130      /*
 131       * Frees all allocated space for the splitd data structure.
 132       */
 133
 134 void pr_splitd(FILE *fp,int indent,char *title,t_splitd *splitd);
 135      /*
 136       * This routine prints out a (human) readable representation of
 137       * the split descriptor to the file fp. Ident specifies the
 138       * number of spaces the text should be indented. Title is used
 139       * to print a header text.
 140       */
 141
 142 void split_topology(t_splitalg algorithm,int nnodes,t_topology *top,
 143                            rvec x[],char *loadfile);
 144      /*
 145       * Distributes the non-bonded forces defined in top over nnodes nodes
 146       * using the algoritm specified by algorithm. The distribution is made
 147       * by creating a split descriptor and then putting a bonded force on the
 148       * highest home node number of the paricles involved.
 149       */
 150
 151 #ifdef __cplusplus
 152 }
 153 #endif
 154
 155 #endif  /* _split_h */