include/shellfc.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #include "visibility.h"
  39 #include "typedefs.h"
  40 #include "vsite.h"
  41
  42 #ifdef __cplusplus
  43 extern "C" {
  44 #endif
  45
  46 /* Initialization function, also predicts the initial shell postions.
  47  * If x!=NULL, the shells are predict for the global coordinates x.
  48  */
  49 GMX_LIBMD_EXPORT
  50 gmx_shellfc_t init_shell_flexcon(FILE *fplog,
  51                                  gmx_bool bCutoffSchemeIsVerlet,
  52                                  gmx_mtop_t *mtop, int nflexcon,
  53                                  rvec *x);
  54
  55 /* Get the local shell with domain decomposition */
  56 GMX_LIBMD_EXPORT
  57 void make_local_shells(t_commrec *cr, t_mdatoms *md,
  58                        gmx_shellfc_t shfc);
  59
  60 /* Optimize shell positions */
  61 GMX_LIBMD_EXPORT
  62 int relax_shell_flexcon(FILE *log, t_commrec *cr, gmx_bool bVerbose,
  63                         gmx_large_int_t mdstep, t_inputrec *inputrec,
  64                         gmx_bool bDoNS, int force_flags,
  65                         gmx_bool bStopCM,
  66                         gmx_localtop_t *top,
  67                         gmx_mtop_t *mtop,
  68                         gmx_constr_t constr,
  69                         gmx_enerdata_t *enerd, t_fcdata *fcd,
  70                         t_state *state, rvec f[],
  71                         tensor force_vir,
  72                         t_mdatoms *md,
  73                         t_nrnb *nrnb, gmx_wallcycle_t wcycle,
  74                         t_graph *graph,
  75                         gmx_groups_t *groups,
  76                         gmx_shellfc_t shfc,
  77                         t_forcerec *fr,
  78                         gmx_bool bBornRadii,
  79                         double t, rvec mu_tot,
  80                         int natoms, gmx_bool *bConverged,
  81                         gmx_vsite_t *vsite,
  82                         FILE *fp_field);
  83
  84
  85 #ifdef __cplusplus
  86 }
  87 #endif