include/sfactor.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 #ifndef _sfactor_h
  40 #define _sfactor_h
  41
  42 #include "visibility.h"
  43 #include "index.h"
  44 #include "types/simple.h"
  45 #include "gmxcomplex.h"
  46 #include "oenv.h"
  47
  48
  49
  50 #ifdef __cplusplus
  51 extern "C" {
  52 #endif
  53
  54
  55 typedef struct gmx_structurefactors gmx_structurefactors_t;
  56
  57 typedef struct structure_factor structure_factor_t;
  58
  59 typedef struct reduced_atom reduced_atom_t;
  60
  61 int * create_indexed_atom_type (reduced_atom_t * atm, int size);
  62
  63 void compute_structure_factor (structure_factor_t * sft, matrix box,
  64                                reduced_atom_t * red, int isize, real start_q,
  65                                real end_q, int group, real **sf_table);
  66
  67 gmx_structurefactors_t *gmx_structurefactors_init(const char *datfn);
  68
  69 void gmx_structurefactors_done(gmx_structurefactors_t *gsf);
  70
  71 int gmx_structurefactors_get_sf(gmx_structurefactors_t *gsf, int elem, real a[4], real b[4], real *c);
  72
  73 real **gmx_structurefactors_table(gmx_structurefactors_t *gsf, real momentum, real ref_k,
  74                                   real lambda, int n_angles);
  75
  76 void save_data (structure_factor_t * sft, const char *file, int ngrps,
  77                 real start_q, real end_q, const output_env_t oenv);
  78
  79 double CMSF (gmx_structurefactors_t *gsf, int type, int nh, double lambda, double sin_theta);
  80
  81 int return_atom_type (const char *name, gmx_structurefactors_t *gsf);
  82
  83 void rearrange_atoms (reduced_atom_t * positions, t_trxframe *fr, atom_id * index,
  84                       int isize, t_topology * top, gmx_bool flag, gmx_structurefactors_t *gsf);
  85
  86 GMX_LIBGMX_EXPORT
  87 int do_scattering_intensity (const char* fnTPS, const char* fnNDX,
  88                              const char* fnXVG, const char *fnTRX,
  89                              const char* fnDAT,
  90                              real start_q, real end_q,
  91                              real energy, int ng, const output_env_t oenv);
  92
  93 t_complex *** rc_tensor_allocation(int x, int y, int z);
  94
  95 real **compute_scattering_factor_table (gmx_structurefactors_t *gsf, structure_factor_t * sft, int *nsftable);
  96
  97 #ifdef __cplusplus
  98 }
  99 #endif
 100 #endif