include/pull_rotation.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 /*! \file pull_rotation.h
  40  *
  41  *  @brief Enforced rotation of protein parts or other groups of particles.
  42  *
  43  *  This file contains routines that are used to enforce rotational motion
  44  *  upon a subgroup of particles.
  45  *
  46  */
  47
  48 #ifndef _pull_rotation_h
  49 #define _pull_rotation_h
  50 #include "visibility.h"
  51 #include "vec.h"
  52 #include "typedefs.h"
  53
  54
  55 #ifdef __cplusplus
  56 extern "C" {
  57 #endif
  58
  59
  60 /*! \brief Initialize the enforced rotation groups.
  61  *
  62  * This routine does the memory allocation for various helper arrays, opens
  63  * the output files etc.
  64  *
  65  * \param fplog             General output file, normally md.log.
  66  * \param ir                Struct containing MD input parameters, among those
  67  *                          also the enforced rotation parameters.
  68  * \param nfile             Number of entries in the fnm structure.
  69  * \param fnm               The filenames struct containing also the names
  70  *                          of the rotation output files.
  71  * \param cr                Pointer to MPI communication data.
  72  * \param x                 The positions of all MD particles.
  73  * \param mtop              Molecular topology.
  74  * \param oenv              Needed to open the rotation output xvgr file.
  75  * \param Flags             Flags passed over from main, used to determine
  76  *                          whether or not we are doing a rerun.
  77  */
  78 GMX_LIBMD_EXPORT
  79 extern void init_rot(FILE *fplog, t_inputrec *ir, int nfile, const t_filenm fnm[],
  80                      t_commrec *cr, rvec *x, matrix box, gmx_mtop_t *mtop, const output_env_t oenv,
  81                      gmx_bool bVerbose, unsigned long Flags);
  82
  83
  84 /*! \brief Make a selection of the home atoms for all enforced rotation groups.
  85  *
  86  * This routine is similar to dd_make_local_pull_groups, but works only with
  87  * domain decomposition. It should be called at every domain decomposition.
  88  *
  89  * \param dd                Structure containing domain decomposition data.
  90  * \param rot               Pointer to all the enforced rotation data.
  91  */
  92 extern void dd_make_local_rotation_groups(gmx_domdec_t *dd, t_rot *rot);
  93
  94
  95 /*! \brief Calculation of the enforced rotation potential.
  96  *
  97  * This is the main enforced rotation module which is called during every time
  98  * step. Here the rotation potential as well as the resulting forces are
  99  * calculated.
 100  *
 101  * \param cr                Pointer to MPI communication data.
 102  * \param ir                Struct containing MD input parameters, among those
 103  * \param box               Simulation box, needed to make group whole.
 104  * \param x                 The positions of all the local particles.
 105  * \param t                 Time.
 106  * \param step              The time step.
 107  * \param wcycle            During the potential calculation the wallcycles are
 108  *                          counted. Later they enter the dynamic load balancing.
 109  * \param bNS               After domain decomposition / neighborsearching several
 110  *                          local arrays have to be updated (masses, shifts)
 111  */
 112 extern void do_rotation(t_commrec *cr, t_inputrec *ir, matrix box, rvec x[], real t,
 113                         gmx_large_int_t step, gmx_wallcycle_t wcycle, gmx_bool bNS);
 114
 115
 116 /*! \brief Add the enforced rotation forces to the official force array.
 117  *
 118  * Adds the forces from enforced rotation potential to the local forces and
 119  * sums up the contributions to the rotation potential from all the nodes. Since
 120  * this needs communication, this routine should be called after the SR forces
 121  * have been evaluated (in order not to spoil cycle counts).
 122  * This routine also outputs data to the various rotation output files (e.g.
 123  * the potential, the angle of the group, torques and more).
 124  *
 125  * \param rot               Pointer to all the enforced rotation data.
 126  * \param f                 The local forces to which the rotational forces have
 127  *                          to be added.
 128  * \param cr                Pointer to MPI communication data.
 129  * \param step              The time step, used for output.
 130  * \param t                 Time, used for output.
 131  */
 132 extern real add_rot_forces(t_rot *rot, rvec f[], t_commrec *cr, gmx_large_int_t step, real t);
 133
 134
 135 /*! \brief Close the enforced rotation output files.
 136  *
 137  * \param fplog             General output file, normally md.log.
 138  * \param rot               Pointer to all the enforced rotation data.
 139  */
 140 GMX_LIBMD_EXPORT
 141 extern void finish_rot(FILE *fplog, t_rot *rot);
 142
 143
 144 #ifdef __cplusplus
 145 }
 146 #endif
 147
 148
 149 #endif