include/princ.h

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.0
  11  *
  12  * Copyright (c) 1991-2001
  13  * BIOSON Research Institute, Dept. of Biophysical Chemistry
  14  * University of Groningen, The Netherlands
  15  *
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * Do check out http://www.gromacs.org , or mail us at gromacs@gromacs.org .
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * Giving Russians Opium May Alter Current Situation
  35  */
  36
  37 #ifndef _princ_h
  38 #define _princ_h
  39
  40 static char *SRCID_princ_h = "$Id$";
  41 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  42 #include <config.h>
  43 #endif
  44
  45 #include "typedefs.h"
  46
  47 extern void rotate_atoms(int gnx,atom_id index[],rvec x[],matrix trans);
  48 /* Rotate all atoms in index using matrix trans */
  49
  50 extern void principal_comp(int n,atom_id index[],t_atom atom[],rvec x[],
  51                            matrix trans,rvec d);
  52 /* Calculate the principal components of atoms in index. Atoms are
  53  * mass weighted. It is assumed that the center of mass is in the origin!
  54  */
  55
  56 extern void orient_princ(t_atoms *atoms, int isize, atom_id *index,
  57                          int natoms, rvec x[], rvec *v, rvec *d);
  58 /* rotates molecule to align principal axes with coordinate axes */
  59
  60 extern real calc_xcm(rvec x[],int gnx,atom_id *index,t_atom *atom,rvec xcm,
  61                      bool bQ);
  62 /* Calculate the center of mass of the atoms in index. if bQ then the atoms
  63  * will be charge weighted rather than mass weighted.
  64  * Returns the total mass/charge.
  65  */
  66
  67 extern real sub_xcm(rvec x[],int gnx,atom_id *index,t_atom atom[],rvec xcm,
  68                     bool bQ);
  69 /* Calc. the center of mass and subtract it from all coordinates.
  70  * Returns the original center of mass in xcm
  71  * Returns the total mass
  72  */
  73
  74 extern void add_xcm(rvec x[],int gnx,atom_id *index,rvec xcm);
  75 /* Increment all atoms in index with xcm */
  76
  77 #endif