include/princ.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gromacs Runs On Most of All Computer Systems
  34  */
  35
  36 #ifndef _princ_h
  37 #define _princ_h
  38
  39 #include "typedefs.h"
  40
  41 #ifdef __cplusplus
  42 extern "C" {
  43 #endif
  44
  45 void rotate_atoms(int gnx,atom_id index[],rvec x[],matrix trans);
  46 /* Rotate all atoms in index using matrix trans */
  47
  48 void principal_comp(int n,atom_id index[],t_atom atom[],rvec x[],
  49                            matrix trans,rvec d);
  50 /* Calculate the principal components of atoms in index. Atoms are
  51  * mass weighted. It is assumed that the center of mass is in the origin!
  52  */
  53
  54 void orient_princ(t_atoms *atoms, int isize, atom_id *index,
  55                          int natoms, rvec x[], rvec *v, rvec d);
  56 /* rotates molecule to align principal axes with coordinate axes */
  57
  58 real calc_xcm(rvec x[],int gnx,atom_id *index,t_atom *atom,rvec xcm,
  59                      bool bQ);
  60 /* Calculate the center of mass of the atoms in index. if bQ then the atoms
  61  * will be charge weighted rather than mass weighted.
  62  * Returns the total mass/charge.
  63  */
  64
  65 real sub_xcm(rvec x[],int gnx,atom_id *index,t_atom atom[],rvec xcm,
  66                     bool bQ);
  67 /* Calc. the center of mass and subtract it from all coordinates.
  68  * Returns the original center of mass in xcm
  69  * Returns the total mass
  70  */
  71
  72 void add_xcm(rvec x[],int gnx,atom_id *index,rvec xcm);
  73 /* Increment all atoms in index with xcm */
  74
  75 #ifdef __cplusplus
  76 }
  77 #endif
  78
  79 #endif