include/princ.h

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *       This source code is part of
   5  *
   6  *        G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  * GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *               VERSION 2.0
  11  *
  12  * Copyright (c) 1991-1999
  13  * BIOSON Research Institute, Dept. of Biophysical Chemistry
  14  * University of Groningen, The Netherlands
  15  *
  16  * Please refer to:
  17  * GROMACS: A message-passing parallel molecular dynamics implementation
  18  * H.J.C. Berendsen, D. van der Spoel and R. van Drunen
  19  * Comp. Phys. Comm. 91, 43-56 (1995)
  20  *
  21  * Also check out our WWW page:
  22  * http://md.chem.rug.nl/~gmx
  23  * or e-mail to:
  24  * gromacs@chem.rug.nl
  25  *
  26  * And Hey:
  27  * Good ROcking Metal Altar for Chronical Sinners
  28  */
  29
  30 #ifndef _princ_h
  31 #define _princ_h
  32
  33 static char *SRCID_princ_h = "$Id$";
  34
  35 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  36 #include <config.h>
  37 #endif
  38
  39 #include "typedefs.h"
  40
  41 extern void rotate_atoms(int gnx,atom_id index[],rvec x[],matrix trans);
  42 /* Rotate all atoms in index using matrix trans */
  43
  44 extern void principal_comp(int n,atom_id index[],t_atom atom[],rvec x[],
  45                            matrix trans,rvec d);
  46 /* Calculate the principal components of atoms in index. Atoms are
  47  * mass weighted. It is assumed that the center of mass is in the origin!
  48  */
  49
  50 extern void orient_princ(t_atoms *atoms, int isize, atom_id *index,
  51                          int natoms, rvec x[], rvec *v, rvec *d);
  52 /* rotates molecule to align principal axes with coordinate axes */
  53
  54 extern real calc_xcm(rvec x[],int gnx,atom_id *index,t_atom *atom,rvec xcm,
  55                      bool bQ);
  56 /* Calculate the center of mass of the atoms in index. if bQ then the atoms
  57  * will be charge weighted rather than mass weighted.
  58  * Returns the total mass/charge.
  59  */
  60
  61 extern real sub_xcm(rvec x[],int gnx,atom_id *index,t_atom atom[],rvec xcm,
  62                     bool bQ);
  63 /* Calc. the center of mass and subtract it from all coordinates.
  64  * Returns the original center of mass in xcm
  65  * Returns the total mass
  66  */
  67
  68 extern void add_xcm(rvec x[],int gnx,atom_id *index,rvec xcm);
  69 /* Increment all atoms in index with xcm */
  70
  71 #endif