include/princ.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012,2013, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 #ifndef _princ_h
  40 #define _princ_h
  41 #include "visibility.h"
  42 #include "typedefs.h"
  43
  44 #ifdef __cplusplus
  45 extern "C" {
  46 #endif
  47
  48 void rotate_atoms(int gnx,atom_id index[],rvec x[],matrix trans);
  49 /* Rotate all atoms in index using matrix trans */
  50
  51 GMX_LIBGMX_EXPORT
  52 void principal_comp(int n,atom_id index[],t_atom atom[],rvec x[],
  53                            matrix trans,rvec d);
  54 /* Calculate the principal components of atoms in index. Atoms are
  55  * mass weighted. It is assumed that the center of mass is in the origin!
  56  */
  57
  58 GMX_LIBGMX_EXPORT
  59 void orient_princ(t_atoms *atoms, int isize, atom_id *index,
  60                          int natoms, rvec x[], rvec *v, rvec d);
  61 /* rotates molecule to align principal axes with coordinate axes */
  62
  63 GMX_LIBGMX_EXPORT
  64 real calc_xcm(rvec x[],int gnx,atom_id *index,t_atom *atom,rvec xcm,
  65                      gmx_bool bQ);
  66 /* Calculate the center of mass of the atoms in index. if bQ then the atoms
  67  * will be charge weighted rather than mass weighted.
  68  * Returns the total mass/charge.
  69  */
  70
  71 GMX_LIBGMX_EXPORT
  72 real sub_xcm(rvec x[],int gnx,atom_id *index,t_atom atom[],rvec xcm,
  73                     gmx_bool bQ);
  74 /* Calc. the center of mass and subtract it from all coordinates.
  75  * Returns the original center of mass in xcm
  76  * Returns the total mass
  77  */
  78
  79 void add_xcm(rvec x[],int gnx,atom_id *index,rvec xcm);
  80 /* Increment all atoms in index with xcm */
  81
  82 #ifdef __cplusplus
  83 }
  84 #endif
  85
  86 #endif