include/partdec.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 #ifndef _partdec_h
  40 #define _partdec_h
  41 #include "visibility.h"
  42 #include "vsite.h"
  43
  44 #ifdef __cplusplus
  45 extern "C" {
  46 #endif
  47
  48
  49 #define GMX_LEFT     0          /* channel to the left processor  */
  50 #define GMX_RIGHT    1          /* channel to the right processor */
  51
  52 /* These are the good old ring communication routines */
  53
  54 void gmx_tx(const t_commrec *cr,int dir,void *buf,int bufsize);
  55      /*
  56       * Asynchronously sends bufsize bytes from the buffer pointed to by buf
  57       * over the communication channel, identified by chan. The buffer becomes
  58       * available after a successful call of gmx_tx_wait(dir).
  59       */
  60
  61 void gmx_tx_wait(const t_commrec *cr, int dir);
  62      /*
  63       * Waits until the asynchronous send operation associated with chan has
  64       * succeeded. This makes the buffer of the send operation available to
  65       * the sending process.
  66       */
  67
  68 void gmx_rx(const t_commrec *cr,int dir,void *buf,int bufsize);
  69      /*
  70       * Asynchronously receives bufsize bytes in the buffer pointed to by buf
  71       * from communication channel identified by chan. The buffer becomes
  72       * available after a successful call of gmx_rx_wait(chan).
  73       */
  74
  75 void gmx_rx_wait(const t_commrec *cr, int dir);
  76      /*
  77       * Waits until the asynchronous receive operation, associated with chan,
  78       * has succeeded. This makes the buffer of the receive operation
  79       * available to the receiving process.
  80       */
  81
  82 void gmx_left_right(int nnodes,int nodeid,
  83                            int *left,int *right);
  84 /* Get left and right proc id. */
  85
  86 void gmx_tx_rx(const t_commrec *cr,
  87                       int send_dir,void *send_buf,int send_bufsize,
  88                       int recv_dir,void *recv_buf,int recv_bufsize);
  89 /* Communicate simultaneously left and right */
  90
  91 void gmx_tx_rx_real(const t_commrec *cr,
  92                            int send_dir,real *send_buf,int send_bufsize,
  93                            int recv_dir,real *recv_buf,int recv_bufsize);
  94 /* Communicate simultaneously left and right, reals only */
  95
  96 void gmx_wait(const t_commrec *cr, int dir_send, int dir_recv);
  97 /* Wait for communication to finish */
  98
  99 void pd_move_f(const t_commrec *cr,rvec f[],t_nrnb *nrnb);
 100 /* Sum the forces over the nodes */
 101
 102 int *pd_cgindex(const t_commrec *cr);
 103
 104 int *pd_index(const t_commrec *cr);
 105
 106 int pd_shift(const t_commrec *cr);
 107
 108 int pd_bshift(const t_commrec *cr);
 109
 110 GMX_LIBMD_EXPORT
 111 void pd_cg_range(const t_commrec *cr,int *cg0,int *cg1);
 112 /* Get the range for the home charge groups */
 113
 114 GMX_LIBMD_EXPORT
 115 void pd_at_range(const t_commrec *cr,int *at0,int *at1);
 116 /* Get the range for the home particles */
 117
 118 GMX_LIBMD_EXPORT
 119 gmx_localtop_t *split_system(FILE *log,
 120                                     gmx_mtop_t *mtop,t_inputrec *inputrec,
 121                                     t_commrec *cr);
 122 /* Split the system over N processors. */
 123
 124 gmx_bool setup_parallel_vsites(t_idef *idef,t_commrec *cr,
 125                                   t_comm_vsites *vsitecomm);
 126
 127 GMX_LIBMD_EXPORT
 128 t_state *partdec_init_local_state(t_commrec *cr,t_state *state_global);
 129 /* Generate a local state struct from the global one */
 130
 131 void
 132 pd_get_constraint_range(gmx_partdec_p_t pd,int *start,int *natoms);
 133
 134
 135 int *
 136 pd_constraints_nlocalatoms(gmx_partdec_p_t pd);
 137
 138 /* Move x0 and also x1 if x1!=NULL */
 139 void
 140 pd_move_x_constraints(t_commrec *  cr,
 141                                           rvec *       x0,
 142                                           rvec *       x1);
 143
 144 #ifdef __cplusplus
 145 }
 146 #endif
 147
 148 #endif