include/ns.h

   1 /*
   2  * $Id$
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.0
  11  *
  12  * Copyright (c) 1991-2001
  13  * BIOSON Research Institute, Dept. of Biophysical Chemistry
  14  * University of Groningen, The Netherlands
  15  *
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * Do check out http://www.gromacs.org , or mail us at gromacs@gromacs.org .
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * Good ROcking Metal Altar for Chronical Sinners
  35  */
  36
  37 #ifndef _ns_h
  38 #define _ns_h
  39
  40 static char *SRCID_ns_h = "$Id$";
  41 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  42 #include <config.h>
  43 #endif
  44
  45 #ifdef HAVE_IDENT
  46 #ident  "@(#) ns.h 1.50 2/2/97"
  47 #endif /* HAVE_IDENT */
  48
  49 #include <stdio.h>
  50 #include "sysstuff.h"
  51 #include "typedefs.h"
  52 #include "pbc.h"
  53 #include "tgroup.h"
  54 #include "nsb.h"
  55 #include "network.h"
  56
  57 /****************************************************
  58  *
  59  *    U T I L I T I E S May be found in ns.c
  60  *
  61  ****************************************************/
  62 extern void init_neighbor_list(FILE *log,t_forcerec *fr,int homenr);
  63 /*
  64  * nn is the number of energy terms in the energy matrix
  65  * (ngener*(ngener-1))/2
  66  * start is the first atom on this processor
  67  * homenr is the number of atoms on this processor
  68  */
  69
  70 extern int calc_naaj(int icg,int cgtot);
  71 /* Calculate the number of charge groups to interact with for icg */
  72
  73 /****************************************************
  74  *
  75  *    N E I G H B O R  S E A R C H I N G
  76  *
  77  *    Calls either ns5_core (when grid selected in .mdp file)
  78  *    or ns_simple_core (when simple selected in .mdp file)
  79  *
  80  *    Return total number of pairs searched
  81  *
  82  ****************************************************/
  83 extern int search_neighbours(FILE *log,t_forcerec *fr,
  84                              rvec x[],matrix box,
  85                              t_topology *top,t_groups *grps,
  86                              t_commrec *cr,t_nsborder *nsb,t_nrnb *nrnb,
  87                              t_mdatoms *md,real lambda,real *dvdlambda);
  88
  89
  90 #endif  /* _ns_h */