include/ns.h

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gromacs Runs On Most of All Computer Systems
  34  */
  35
  36 #ifndef _ns_h
  37 #define _ns_h
  38
  39 #include <stdio.h>
  40 #include "visibility.h"
  41 #include "sysstuff.h"
  42 #include "typedefs.h"
  43 #include "pbc.h"
  44 #include "tgroup.h"
  45 #include "network.h"
  46
  47
  48 #ifdef __cplusplus
  49 extern "C" {
  50 #endif
  51
  52 /****************************************************
  53  *
  54  *    U T I L I T I E S May be found in ns.c
  55  *
  56  ****************************************************/
  57
  58 GMX_LIBMD_EXPORT
  59 void init_neighbor_list(FILE *log,t_forcerec *fr,int homenr);
  60 /*
  61  * nn is the number of energy terms in the energy matrix
  62  * (ngener*(ngener-1))/2
  63  * start is the first atom on this processor
  64  * homenr is the number of atoms on this processor
  65  */
  66
  67 int calc_naaj(int icg,int cgtot);
  68 /* Calculate the number of charge groups to interact with for icg */
  69
  70 /****************************************************
  71  *
  72  *    N E I G H B O R  S E A R C H I N G
  73  *
  74  *    Calls either ns5_core (when grid selected in .mdp file)
  75  *    or ns_simple_core (when simple selected in .mdp file)
  76  *
  77  *    Return total number of pairs searched
  78  *
  79  ****************************************************/
  80 void init_ns(FILE *fplog,const t_commrec *cr,
  81                     gmx_ns_t *ns,t_forcerec *fr,
  82                     const gmx_mtop_t *mtop,
  83                     matrix box);
  84
  85 GMX_LIBMD_EXPORT
  86 int search_neighbours(FILE *log,t_forcerec *fr,
  87                              rvec x[],matrix box,
  88                              gmx_localtop_t *top,
  89                              gmx_groups_t *groups,
  90                              t_commrec *cr,
  91                              t_nrnb *nrnb,t_mdatoms *md,
  92                              real *lambda,real *dvdlambda,
  93                              gmx_grppairener_t *grppener,
  94                              gmx_bool bFillGrid,
  95                              gmx_bool bDoLongRangeNS,
  96                  gmx_bool bPadListsForKernels);
  97
  98
  99 /* Debugging routines from wnblist.c */
 100 GMX_LIBMD_EXPORT
 101 void dump_nblist(FILE *out,t_commrec *cr,t_forcerec *fr,int nDNL);
 102
 103 int read_nblist(FILE *in,FILE *out,int **mat,int natoms,gmx_bool bSymm);
 104 /* Returns total number of neighbors. If bSymm the matrix is symmetrized. */
 105
 106 GMX_LIBMD_EXPORT
 107 int natoms_beyond_ns_buffer(t_inputrec *ir,t_forcerec *fr,t_block *cgs,
 108                                    matrix scale_tot,rvec *x);
 109 /* Returns the number of atoms that moved beyond the ns buffer */
 110
 111 #ifdef __cplusplus
 112 }
 113 #endif
 114
 115
 116 #endif  /* _ns_h */