include/ns.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
   6  * check out http://www.gromacs.org for more information.
   7  * Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by
   8  * David van der Spoel, Berk Hess, Erik Lindahl, and including many
   9  * others, as listed in the AUTHORS file in the top-level source
  10  * directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 #ifndef _ns_h
  40 #define _ns_h
  41
  42 #include <stdio.h>
  43 #include "visibility.h"
  44 #include "sysstuff.h"
  45 #include "typedefs.h"
  46 #include "pbc.h"
  47 #include "tgroup.h"
  48 #include "network.h"
  49
  50
  51 #ifdef __cplusplus
  52 extern "C" {
  53 #endif
  54
  55 /****************************************************
  56  *
  57  *    U T I L I T I E S May be found in ns.c
  58  *
  59  ****************************************************/
  60
  61 GMX_LIBMD_EXPORT
  62 void init_neighbor_list(FILE *log,t_forcerec *fr,int homenr);
  63 /*
  64  * nn is the number of energy terms in the energy matrix
  65  * (ngener*(ngener-1))/2
  66  * start is the first atom on this processor
  67  * homenr is the number of atoms on this processor
  68  */
  69
  70 int calc_naaj(int icg,int cgtot);
  71 /* Calculate the number of charge groups to interact with for icg */
  72
  73 /****************************************************
  74  *
  75  *    N E I G H B O R  S E A R C H I N G
  76  *
  77  *    Calls either ns5_core (when grid selected in .mdp file)
  78  *    or ns_simple_core (when simple selected in .mdp file)
  79  *
  80  *    Return total number of pairs searched
  81  *
  82  ****************************************************/
  83 void init_ns(FILE *fplog,const t_commrec *cr,
  84                     gmx_ns_t *ns,t_forcerec *fr,
  85                     const gmx_mtop_t *mtop,
  86                     matrix box);
  87
  88 GMX_LIBMD_EXPORT
  89 int search_neighbours(FILE *log,t_forcerec *fr,
  90                              rvec x[],matrix box,
  91                              gmx_localtop_t *top,
  92                              gmx_groups_t *groups,
  93                              t_commrec *cr,
  94                              t_nrnb *nrnb,t_mdatoms *md,
  95                              real *lambda,real *dvdlambda,
  96                              gmx_grppairener_t *grppener,
  97                              gmx_bool bFillGrid,
  98                              gmx_bool bDoLongRangeNS,
  99                  gmx_bool bPadListsForKernels);
 100
 101
 102 /* Debugging routines from wnblist.c */
 103 GMX_LIBMD_EXPORT
 104 void dump_nblist(FILE *out,t_commrec *cr,t_forcerec *fr,int nDNL);
 105
 106 int read_nblist(FILE *in,FILE *out,int **mat,int natoms,gmx_bool bSymm);
 107 /* Returns total number of neighbors. If bSymm the matrix is symmetrized. */
 108
 109 GMX_LIBMD_EXPORT
 110 int natoms_beyond_ns_buffer(t_inputrec *ir,t_forcerec *fr,t_block *cgs,
 111                                    matrix scale_tot,rvec *x);
 112 /* Returns the number of atoms that moved beyond the ns buffer */
 113
 114 #ifdef __cplusplus
 115 }
 116 #endif
 117
 118
 119 #endif  /* _ns_h */